Сообщая о решении Паисия, церковный писатель подчеркнул: «Принуди его князь великий у Троице в Сергееве монастыре игуменом быти, и не може чернцов превратити на Божий путь — на молитву, и на пост, и на воздержание, и хотеша его убити, бяху бо тамо бояре и князи постригшемся не хотяху повинутися, и остави игуменство».

Утратив чин игумена, Паисий сохранил влияние при дворе. Иван III предполагал возвести его на митрополию.

В свое время Дмитрий Донской попытался посадить на митрополичий престол Митяя, нимало не считаясь с волей священного собора. Иван III обладал большей властью, чем Дмитрий, но и ему не удалось навязать церкви своего ставленника.

Паисий уехал из столицы на Белоозеро. Тем временем в Россию вернулся самый выдающийся из его учеников — Нил Сорский.

Нил, в миру Николай Федорович, происходил из московской семьи, близкой к великокняжеской фамилии. Старший брат Нила Андрей Федорович Майкобыл дьяком Ивана III. Подобно брату Николай поступил в приказ как «скорописец, рекше подьячий». Служба сулила почести и богатство, но все это не прельщало юношу. Он отказался от мирской карьеры. Служил Богу, писал инок позднее, «от юности моея». В монашестве Николай принял имя Нил. Прожив в Кирилло-Белозерском монастыре не менее 20 лет, Нил отправился в паломничество в Византию и побывал на Афоне. Первый русский монастырь был основан там при Ярославе Мудром. В XIV в. афонские монастыри стали одним из центров развития религиозной мысли Востока, колебавшейся между схоластикой и мистицизмом. Теоретик мистицизма Григорий Синаит учил, что человек может общаться с Богом посредством веры. Лишь чистой душе, свободной от земных помыслов и страстей, открывается сияние божественной славы. Последователем Синаита был Григорий Палама. Противниками исихастов выступали приверженцы Варлаама Калабрийского, одушевленные рационалистическими идеями. Отвергая силлогизмы как путь познания истины, исихасты утверждали, что разум убивает веру, что человек совершенствуется не через размышление, а через самоуглубление и безмолвие. На Константинопольском соборе 1341 г. афонские монахи предложили следующую формулу: «Достойно Бог дает благотворящую благодать, которая, будучи не создана и всегда существуя в присно-сущном Боге, есть самобытный свет, явленный святым мужам». В XIV в. мистические идеи исихастов получили широкое распространение на Балканах. Русь не была подготовлена к восприятию учения исихастов в момент его возникновения. Но столетие спустя положение переменилось.

На Афоне Нил Сорский получил возможность близко познакомиться с теорией и практикой исихастов. По возвращении на Русь он выступил с идеей возрождения русской духовности через исихазм. С благословения учителя Нил окончательно покинул Кирилло-Белозерский монастырь и основал скит на реке Сорке, в 15 верстах от Кириллова. Сорка протекала в низменной заболоченной местности и сама больше напоминала болото, чем текущую реку. Над ней постоянно вились тучи комаров. Нилова пустынь не была поселением отшельника-анахорета. Нил отверг общину ради скита, «еще со единым или множае со двема братома жити». Скиту не нужен был ни игумен-управитель, ни учитель-наставник. Служение ближним приобретало чистый вид: «брат братом помогает».

Нил звал к отказу от богатств, к пустынножительству. Все телесное должно служить лишь приготовлением к погружению в духовную жизнь. «Телесное делание» — листья, тогда как духовная жизнь — плоды дерева. Без «умного делания» телесное — лишь «сухие сосцы».

Свое мистическое учение, по замечанию историка церкви Г. П. Федотова, Нил излагал преимущественно словами греков, за которыми он следовал также и в практических делах. Общение с Богом достигается внутренним озарением, состоянием Фаворского света. Для такого общения надо погрузиться в себя, достигнуть внутреннего безмолвия, повторяя: «Господи Иисусе Христе, сыне Божий, помилуй мя».