Глава церкви рассчитывал на то, что великий князь вновь, как и два года назад, посетит Симонов монастырь и заявит о своем послушании духовному пастырю. Однако он просчитался. Иван III попытался избавиться от строптивого владыки. Как повествует летопись, митрополит «оздраве и хоте опять на митрополию; князь же великий не восхоте его (Геронтия. — Р.С.) и (Геронтий. — Р.С.) неволею не остави митрополии; и посла (Иван III. — Р.С.) к нему Паисею и не може ввести его в то: (Геронтий. — Р.С.) многажды убегал из монастыря и имаша его и тужи много по митрополии».

Иван III обращался с Геронтием совершенно так же, как Дмитрий Донской с Киприаном, плененным в Москве. «Тужа по митрополии», владыка пытался покинуть монастырь и вернуться на митрополичий двор в Кремле. Но каждый раз его задерживали и силой возвращали в обитель. Фактически Симонов монастырь стал местом заточения главы церкви. Пленение Геронтия продолжалось несколько месяцев.

Порвав с Геронтием, Иван III предложил старцу Паисию занять митрополичью кафедру. «Князь же великий, — повествует церковный писатель, — поча думати с Паисеею, пригоже ли его (Геронтия. —Р.С.) опять на митрополию, хотяше бо его (Паисия. — Р.С.) одного на митрополию, он же не хотяше…»

Вмешательство светской власти в духовные дела, которому сопротивлялся владыка, приобрело огласку. Не считаясь с волей церковного руководства, Иван III стал назначать своих угодников на высшие церковные должности. Прошло совсем немного времени с тех пор, как Геронтий посадил чудевского архимандрита Геннадия в ледник. Великий князь решил назначить последнего архиепископом Новгорода. Новгородский владыка был вторым после митрополита иерархом церкви. Посвящение Геннадия в сан состоялось 12 декабря 1484 г., но его выборы имели место раньше. За три дня до поставления Геннадия симоновский архимандрит Нифонт получил сан суздальского епископа. — Игумен Нифонт не перечил государю, превратившему его обитель в место заточения митрополита, и послушание игумена было щедро вознаграждено.

Нифонт происходил из кирилловских старцев и, по-видимому, поддерживал дружбу с Геннадием, который писал единомышленнику письма из Новгорода.

Современники хорошо понимали положение Геронтия, когда подчеркивали, что великий князь вторично, возвел его на митрополию. Глубокой осенью 1484 г. владыка смог наконец вернуться на свой двор в Кремле. «В тот же день, — записал летописец, — по Кузьме Демьянове дни по осеннем (после 1 ноября. — Р.С.) возведе князь велики того же митрополита Геронтия на стол».

Среди святителей одним из самых близких к особе монарха лиц был Паисий. Его карьера поначалу сложилась неудачно, невзирая на покровительство государя. Подчинившись воле Ивана III, Паисий возглавил Троице-Сергиев монастырь, но оставался там недолго.

Прошло столетие с того времени, как Сергий Радонежский основал Троицкий монастырь, положив начало московскому благочестию и духовности. За это время многое переменилось в жизни России и в жизни основанных Сергием и его учениками монастырей. Первый в русской истории опыт общины (коммуны, киновия) потерпел крушение. Попытки воплотить в жизнь принцип равенства, обязательного труда, самоотречения не привели к успеху. Князья и бояре, постригшиеся в Троице и пожертвовавшие села и деньги в монастырь, пользовались в общине такими же привилегиями, как и в миру. Когда Паисий попытался вернуть Троицкой общине (коммуне) ее первоначальный строй и порядок, он лишь навлек на свою голову озлобление знатных постриженников. В 1482 г. дело дошло до того, что Ярославов заявил о сложении сана.

Сообщая о решении Паисия, церковный писатель подчеркнул: «Принуди его князь великий у Троице в Сергееве монастыре игуменом быти, и не може чернцов превратити на Божий путь — на молитву, и на пост, и на воздержание, и хотеша его убити, бяху бо тамо бояре и князи постригшемся не хотяху повинутися, и остави игуменство».