По рекомендации Мирабеллы, обладавшего большим авторитетом в правящих кругах, сенат города поручил Караваджо написание «Погребения святой Лючии» (408x300) для одноимённой церкви за городской стеной. Святая мученица была уроженкой тех мест и считалась покровительницей Сиракузы. Караваджо с радостью принялся за работу. В кармане было пусто — всё его имущество осталось на Мальте, включая и подаренную магистром массивную золотую цепь, а главное, кипарисовый ларец, с которым он никогда не расставался и по которому особенно горевал. Полученный заказ помог собраться с силами и отбросить мысли о погоне. И всё же он опасался оставаться один, попросив Марио найти двух-трёх дюжих парней, знающих своё дело на этой суровой каменистой земле, где жизнь любого человека мало что стоила. Под их защитой он мог бы чувствовать себя в безопасности. Многое поражало здесь Караваджо — земля, природа, небо, люди. Такой ему представлялась далёкая Палестина. Куда ни глянь, всюду палящее солнце, выжженная земля и люди в чёрном, словно носящие траур по своей безрадостной жизни.

Картина писалась в просторной ризнице церкви неподалёку от дома Марио, который, по-видимому, втайне надеялся, что друг поручит ему часть работы, так как полотно было внушительных размеров. Но такая мысль не пришла в голову Караваджо. Увидев работы бывшего ученика и его подмастерьев, он остался невысокого о них мнения, хотя ему приятно было обнаружить в них некоторые свои приёмы и мотивы. Лишённый средств на оплату натурщиков, он вынужден был больше полагаться на память, изменив своему постоянному правилу работать исключительно с натурой. Для него оказалось очень полезным знакомство с местными особенностями, и на картине он воспроизвёл пустырь за крепостной стеной, где городские власти разрешали первым христианам совершать захоронения.

На огромном полотне — голая стена циклопических размеров с массивной аркой ворот, которая рифмуется с дугой, образованной на переднем плане согнутой спиной одного из землекопов, роющих заступами могилу. Мускулистые фигуры двух могильщиков, особенно их босые жилистые ноги приближены к зрителю, делая его соучастником изображённого драматического события. В то же время громада уходящей вверх стены и зияющей тёмной арки, занимающих две трети полотна, подавляет фигуры людей, застывших в глубокой скорби по ту сторону от почти выкопанной могилы. Здесь, как и в мальтийском «Усекновении главы Иоанна Крестителя», большое внимание уделено архитектурной организации пространства, создающего атмосферу напряжённости, усугубляемую приглушённой цветовой тональностью. Идущий справа луч света скользит по тиаре епископа с посохом, мощной спине могильщика, отдельным заплаканным лицам, останавливаясь на единственном ярком пятне на картине — красной накидке на плечах молодого дьякона. На краю могилы бездыханное тело мученицы Лючии с запрокинутой головой и распростёртыми руками. Благословляющего епископа грубо теснит и заслоняет мощная фигура римского легионера в блестящих латах, приставленного властями следить за порядком. Торжественность акта погребения принижается нарочито выпяченным к зрителю ярко освещенным задом нагнувшегося могильщика. Сознательно пойдя на нарушение законов перспективы, Караваджо выразил глубину мрачного пространства, которое подавляет и принижает личность человека. Нечто подобное уже было в римском «Успении Богоматери», но там пространство не воздействовало столь угнетающе на собравшихся людей.