В Нагасаки Николай провел 9 дней – с 15 по 23 апреля. Первые 7 дней шел Великий пост, и глубоко верующий Николай, который постоянно был на виду у сотен матросов, свято выполнял все правила, стоял все церковные службы на батарейной палубе и, как и все, благоговейно внимал текстам Евангелия и проповедям судового священника. В один из дней Великого поста он съездил в близкую от Нагасаки деревню Инаси, где находилось кладбище русских моряков, похороненных вскоре после Крымской войны. Тогда парусный русский фрегат «Аскольд» попал в жестокий шторм и нашел пристанище в этой деревне, где долго простоял на ремонте. За это время умерло несколько десятков матросов и офицеров, и их похоронили в земле Японии. Русские моряки очень сдружились с местными жителями, и некоторые из них даже научились говорить по-русски.

Когда Николай приехал в Инаси, он увидел там ресторацию под вывеской «Кабак Кронштадт», где его угостили крымскими винами, поповской водкой, щами и кашей. Он нашел русское кладбище в полном порядке и щедро одарил местного буддийского монаха Окамуру, который ухаживал за ним. Николай выпил у него в доме чаю и на прощание подарил монаху свой портрет.

А в первые дни Пасхи цесаревич начал официальный визит в Японию, высадившись в Нагасаки. Отдав должное церемониалу, Николай осмотрел затем окрестные исторические достопримечательности и направился в древнюю столицу Японии – город Киото, а оттуда 29 апреля поехал в городок Оцу, лежащий так близко от Киото, что туда решено было ехать не поездом, а в колясках рикш. Там решили не задерживаться, а проехать дальше. Когда кортеж колясок проезжал по заполненной народом улице, из толпы вдруг выскочил человек, одетый в форму полицейского и ударил Николая саблей по голове. Цесаревич выскочил из коляски, принц Георгиос подоспел к нему на помощь и вместе с двумя рикшами свалил покушавшегося на землю. Им оказался самурай Тсуда Санцо – фанатик-националист, попытавшийся убить русского цесаревича. За его спиной никто не стоял, и этот дикий поступок был совершен им по его собственному замыслу без всякой подготовки.

Николай отделался неглубокой раной и уже вскоре почувствовал себя вполне хорошо. На следующий вечер он записал о случившемся так: «В это время, во время проезда по улице Оцу, я получил слабый удар по правой стороне головы над ухом, повернулся и увидел мерзкую рожу полицейского, который второй раз на меня замахнулся саблей в обеих руках. Я только крикнул: „Что тебе?“ – и выпрыгнул через джен-рикшу на мостовую».

Помощь Георгиоса (Джорджи) он высоко ценил всю жизнь. Даже через 5 лет, когда Николай готовился в 1896 году к коронации, он записал в дневнике: «29 апреля. Понедельник. Оцу. После прогулки пошли к молебну в красной гостиной; горячо благодарил Бога за спасение, ниспосланное Им рукою Джорджи в Японии!». В этот день Николай каждый год стоял на благодарственных молебнах.

В то же время многие в России считали, что его неприязнь к Японии определилась инцидентом в Оцу, хотя сам микадо – земное божество для японцев – уже на следующий день приехал в Киото, чтобы выразить потерпевшему свое искреннее соболезнование, и назвал день 29 апреля «самым печальным в его жизни». Он встретился с Николаем и очень жалел, что цесаревичу велено прервать путешествие и возвращаться на родину. Император проводил Николая до фрегата, ожидавшего в Кобэ. А 6 мая, в день рождения Николая, сюда пришли 3 японских парохода, заваленных подарками – так Япония выражала ему сочувствие и приносила извинения в связи со случившимся.