Базированию эскадры в греческих водах (в Пирейской гавани) благоприятствовали династические связи русской и греческой монархий, установившиеся с 1867 г., когда дочь генерал-адмирала великого князя Константина Николаевича Ольга вышла замуж за короля Георга I. Королева эллинов с подчеркнутым вниманием встречала приходившие с родины корабли, почти всегда посещала их лично, устраивала для офицеров приемы при дворе, делала подарки командирам и кают-компаниям кораблей. Русские чувствовали себя в греческих водах почти как дома.

В конце XIX-начале XX в. Средиземноморской эскадрой командовали, сменяя один другого, контр- адмиралы С.О. Макаров (1894-1895), П.П. Андреев (1896-1898); Н.И. Скрыдлов (1898-1899), К.Р. Вальронд (1899), А.А. Бирилев (1900-1901), А.Х. Кригер (1901-1903), П.П. Молас (1903).

“При обыкновенных мирных обстоятельствах, – говорилось в инструкции, данной управляющим Морским министерством адмиралом Н.М. Чихачевым С.О. Макарову 22 ноября 1894 г.,- назначение эскадры судов в Средиземном море заключается главным образом в поддержании политического влияния России на Востоке”. Одновременно эскадре отводилась роль резерва “на случай усиления наших морских сил в Тихом океане”. Предусматривалась также возможность участия в крейсерских операциях на путях сообщения противника.

Вместе с систематической боевой учебой кораблей в инструкции предлагалось постоянно изучать “морские силы и вообще боевые средства государств, имеющих морские силы в Средиземном море”. Указывался обширный перечень сведений о вооруженных силах иностранных государств. Эти сведения следовало пополнять. Все вопросы политического характера рекомендовалось решать только через посланников и других дипломатических представителей России, которым для поддержания их престижа следовало отдавать установленные Морским уставом почести, причем в возможно “изысканной и внушительной для посторонних форме”; всеми “зависящими” средствами предлагалось также налаживать с дипломатическими представителями такие контакты, чтобы отношения с ними всегда были доверительными и чтобы они всегда “охотно делились сведениями, которыми располагают”. Хорошие отношения следовало поддерживать и с населением прибрежных государств, а также с турецкими властями и со всеми представителями иностранных флотов; было указано также “не отдавать предпочтения одним перед другими… быть крайне осторожным в действиях и еще более в политических разговорах”.

При подготовке офицеров, указывалось в инструкции, необходимо помогать им в овладении специализацией, штурманским и артиллерийским делом, заботиться об их подготовке к занятию самостоятельных должностей. Нижние чины предлагалось обучать по программам, разработанным ГМШ в 1889 г., уделяя особое внимание учебе подручных по всем специальностям и систематическим занятиям по повышению грамотности, “облегчающей нижним чинам приобретение специальных знаний”. Практические стрельбы приказано было проводить всегда за пределами территориальных вод, минные учения – вблизи малонаселенных островов архипелага, например, у о-вов Порос и Парос. Предметы снабжения кораблей рекомендовалось доставлять преимущественно с черноморского берега. Практические плавания кораблей ограничивались лишь задачами обучения машинной команды и нормой ежегодного расхода угля для каждого корабля. Иными словами, кораблям приходилось большую часть времени стоять на якорях.

Инструкция предостерегала адмирала и от грозивших убытками навигационных аварий: большие и дорогостоящие корабли по мелководным фарватерам и в малообследованные местности посылать запрещалось.

Такие наставления, противоречившие учебным и политическим задачам, стоявшим перед эскадрой, не могли удовлетворить С.О.