Отношения старших воспитанников с младшими были такими, которые сейчас определяются термином «дедовщина». Доносительство, рукоприкладство и прямое издевательство над младшими были обычным делом. Все это было выгодно корпусному начальству, помогая поддерживать дисциплину и управлять воспитанниками. И всё же это было время благотворных перемен. Петр Алексеевич потом вспоминал, что, поступи он в корпус на год или два раньше, воля его была бы окончательно сломлена или он был бы исключен, «кто знает, с какими последствиями». К счастью, перед самым его поступлением в корпус произошла «революция», связанная с либеральным курсом нового императора. В результате Петру удавалось все годы учебы сохранять до известной степени свою независимость, обороняясь от агрессивности камер-пажей и придирок полковника Жирардота, практиковавшего иезуитский метод воспитания.

Привычка погружаться в чтение спасала Петра от тлетворного влияния среды. Особенно он полюбил тогда «Фауста» Гёте, которого, по совету брата, читал в подлиннике, по-немецки. Музыка стиха и глубокий философский смысл произведения захватили его. Глубоко полюбил он Шекспира, по несколько раз перечитывал его драмы, читал их своим однокашникам. Сильнейшее впечатление произвели занятия по русской словесности у профессора Владимира Игнатьевича Классовского, автора книг по истории и психологии. Небольшого роста, стремительный в движениях, он давал своим ученикам значительно больше, чем требовалось программой, и пробуждал, как вспоминал позже Кропоткин, «стремление к возвышенному идеалу». Он заметил выдающиеся способности Кропоткина и настойчиво советовал ему поступить в университет, повторяя: «Вы будете славой русской науки».

«Невыразимое удовольствие» доставляли будущему географу выезды в летние лагеря в Петергофе, где занимались топографическими съемками. Его привлекали «независимый характер работы, одиночество под столетними деревьями, лесная жизнь, которой я мог отдаваться без помехи…». Географию в корпусе преподавал некий Белоха, который все сводил к рисованию приблизительных контуров стран мелом на доске. Никто не смог бы этого сделать, если бы не шпаргалки, нарисованные с большим мастерством Кропоткиным. Он снабжал ими весь класс и хорошо натренировался в изготовлении карт, что ему потом очень пригодилось, особенно когда в полутьме каземата Петропавловской крепости он вычерчивал карты Финляндии и Швеции для своей книги «Исследования о ледниковом периоде».

И еще один навык обрел он в Пажеском корпусе, когда за дерзость в адрес ротного командира был посажен на несколько недель в карцер на хлеб и воду. В темной комнате долгие дни было нечем заняться, и заключенный в карцер придумал способ коротать время. Он научился лаять и выть по-собачьи и достиг в этом совершенства. Пригодилось это умение во время плавания по Амуру в 1863 году: в темноте было очень трудно разобрать очертания берегов, к которым приходилось приставать, а на искусное звукоподражание откликались собаки в прибрежных селах, лай которых служил своеобразным компасом.

Несмотря на дисциплинарные взыскания, Кропоткин всегда оставался в Пажеском корпусе первым учеником. Большое внимание он уделял математике и астрономии, которая именовалась тогда математической географией. Эта наука вызывала у юного Кропоткина особенный интерес. Потом он вспоминал: «Никогда не прекращающаяся жизнь вселенной, которую я понимал как жизнь и развитие, стала для меня неистощимым источником поэтических наслаждений…»

Он увлекался физикой, и преподаватель Чарушин использовал при составлении нового учебника конспекты своего ученика. Его самодеятельные опыты с химическими веществами с участием двух братьев Замыцких, сыновей отставного адмирала, не раз приводили к различным неприятностям, но завершалось все совместным музицированием: исполнением с партитуры фрагментов из какой-нибудь оперы (самой любимой была «Руслан и Людмила» Глинки).