1690, 18 февраля — произведен в чин генерал-майора.

1691, сентябрь — произведен в чин генерал-лейтенанта.

1693 — сопровождает царя в первом походе к Архангельску

29 июня — произведен в чин полного генерала.

1694 — сопровождает царя во втором походе к Архангельску.

Сентябрь — октябрь — участие в Кожуховских маневрах.

1695 — участие в первом Азовском походе. Во время отступления Лефорт упал с лошади и получил рану, которая стала причиной тяжелой болезни, продолжавшейся до самой кончины. По возвращении из похода Лефорт получает чин адмирала не существующего еще русского флота.

1696 — участие во втором Азовском походе.

1697, март — отбытие Великого посольства в Европу. Лефорт назначен первым послом Великого посольства с титулом наместника Великого Новгорода.

1697—1698 — Лефорт в составе Великого посольства посещает Лифляндию, Курляндию, Бранденбург, Голландию, Австрию, Речь Посполитую.

1698, 25 августа — Петр в сопровождении Лефорта и нескольких других

лиц возвращается в Москву. Начало розыска над стрельцами.

1699, 2 марта — смерть Лефорта.

11 марта — похороны.