После заключения Бахчисарайского мира с турками в 1681 году Лефорт вместе с ротой, которой он командовал, а также с супругой и тещей возвращается в Москву, в Немецкую слободу. Здесь он начинает хлопотать об отпуске для поездки в Женеву. Лефорт объяснял необходимость поездки тем, что не были решены имущественные вопросы после смерти его отца и он не получил свою долю наследства. Отпуск Лефорту был дан на шесть месяцев, с сохранением жалованья, причем жена его осталась в Москве.

В двадцатых числах октября 1681 года Лефорт извещал брата о том, что все необходимые документы для выезда уже получены: «Если Бог позволит увидеться с вами, то из паспорта моего вы усмотрите, что я честно служил его величеству (царю. — Н. П.) и могу вас удостоверить, что все князья (бояре. — Н. П.) любят меня, сожалеют о моем отъезде и думают, что я не вернусь». В паспорте действительно было написано: «Капитан Лефорт служил великому государю и царю верно и, как подобает храброму офицеру, с отличием сражался против неприятеля».

В путь Лефорт отправился 9 ноября, а в Женеву прибыл только 16 апреля следующего, 1682 года, преодолев в пути множество трудностей. Весть о скором прибытии Франсуа в Женеву обрадовала родственников. Радость выразил брат Ами, отправивший Францу Яковлевичу следующее письмо: «Любезный брат, не могу выразить вам радости, испытанной всеми нами при получении вашего письма от 1 сентября 1681 года, особенно же по поводу того, что вы не только благополучно возвратились из Киева, но и намерены предпринять путешествие из Москвы в Женеву. Это показывает, что вы, любезный брат, услышали мои просьбы возвратиться сюда при первом удобном случае, чтобы доставить всем нам утешение и радость свидания. При нетерпении, в котором мы находились относительно времени этого наслаждения, путешествие ваше от Гамбурга сюда покажется нам столько же продолжительным, как бы мы узнали только о выезде вашем из Московии».

О пребывании Франца Яковлевича в Женеве вспоминал в своих «Записках» старший сын Ами Лефорта Людовик (Луи), которому в то время было шестнадцать лет. (Свои «Записки» он написал уже в зрелом возрасте.) Мы приведем его пространный рассказ полностью, ибо в нем дана весьма обстоятельная, хотя и односторонняя, характеристика Франца Лефорта и содержатся сведения, отсутствующие у прочих авторовсовременников:

«Франц Лефорт был принят своими родными и соотечественниками, любившими и истинно уважавшими его, самым радужным образом. В беседах своих он представлял картину России вовсе несогласную с описаниями путешественников. Он старался распространить выгодное понятие об этой стране, утверждая, что там можно составить себе очень хорошую карьеру и возвыситься военного службою. По этой причине он пытался уговорить своих родственников и друзей отправиться с ним в Россию.

Лефорту было тогда двадцать шесть лет. Все соотечественники заметили в нем большую выгодную перемену. Он был высокого роста и очень строен. В разговоре являл себя строгим и серьезным, но с друзьями был шутлив и весел. Можно сказать утвердительно, что он наделен от рождения счастливейшими дарами и талантами как тела, так ума и души. Он был отличный ездок и в совершенстве владел оружием. Из лука стрелял с такою необыкновенною силою и с такою непостижимой ловкостью, что превосходил искуснейших и опытнейших татар. О военном ремесле говорил очень разумно, и можно сказать по справедливости, что судил о нем, как человек испытанный, хотя был младший сын в семействе, которое, конечно, пользовалось почетом, но не имело таких денежных средств, чтобы дать соответственное его дарованиям воспитание. Что касается его чувств и образа мыслей, то никогда и никто не откажется от признания — что и обнаружится впоследствии, — что он имел повышенную и благородную душу.