Царь Иван Алексеевич был старше Петра на шесть лет, но страдал слабым здоровьем, был подслеповат и косноязычен, а главное, отставал от сверстников в умственном развитии. Сохранилось описание его внешности в «Записках о Московии» Невиля: «Царь Иоанн, несмотря на то, что он совершенно парализован, проводит всю свою жизнь в посещении святынь. Между тем для него было бы гораздо выгоднее не показываться так часто в народе, но, напротив, совершенно скрыться в своем дворце, ибо он страшно безобразен и возбуждает только жалость, несмотря на то, что ему только 22 года, так что на него трудно смотреть».

Отметим, что это описание существенно отличается от живописного портрета царя, на котором он выглядит человеком с благообразной физиономией, отнюдь не «страшно безобразным». Впрочем, известно, что художники того времени стремились не столько добиться сходства с оригиналом, сколько угодить вкусам заказчика.

Считалось, что после падения царевны Софьи страной правили два царя: Иван и Петр. Однако Иван был фигурой декоративной, его роль сводилась к участию в официальных церемониях и в церковных праздниках. Петр же правил страной по своей воле.

Петр торжествовал победу. Софья была заточена в Новодевичий монастырь. Здесь она провела 14 лет и умерла в 1704 году.

Более серьезное наказание понесли фаворит царевны и его семья. Указом 9 сентября 1689 года было велено «у князь Василья и сына ево князь Алексея Голицыных честь их и боярство отнять». Отец и сын обвинялись в том, что они, «угождая и доброхотствуя сестре их великих государей, во всяких делах мимо их, великих государей, докладывали сестре их, и им, великим государем, о тех делах было неизвестно и во всяких делах сестру их, великих государей, писали обще с ними, великими государи». Указ не преминул напомнить и о неудачных Крымских походах князя, когда он, «пришед к Перекопу, промыслу никакого не чинил, и, постояв самое малое время, отступил и тем своим нерадением их, великих государей, казне учинил великие убытки, а государству разорение, а людям великую тягость». Определил указ и меру наказания — Василию и Алексею Голицыным была объявлена ссылка в Каргополь.

Восемнадцатого сентября последовал новый указ, ужесточивший меру наказания: место ссылки было изменено, вместо Каргополя назначен Яренск, причем ссылке подлежали не только Василий и Алексей Голицыны, но и их жены и дети. В услужение им велено оставить 15 человек с женами. «А достоянье их, князь Васильево и князь Алексеево животы, и деньги, и золотые, и ефимки, и платье, и посуду, и всякие вещи, и лошади, и кареты, и рыдваны, и телеги служилые, и всякую служилую рухлядь, и ружье, и все, что с ними есть», переписав, конфисковать, выдав из них на пропитание две тысячи рублей, «да женам их два рыдвана».

Указ предписывал соблюдать строгости при отправке семейств в ссылку и содержании их в ссылке: отправить их под крепким караулом, запретить переписку, в воскресенье и Господские праздники сопровождать их в церковь приставу стольнику Павлу Скрябину.

Путь до Яренска был труден и опасен. Ссыльных пришлось везти по бездорожью, двигаясь со скоростью пять-шесть верст в день. В пути жена Алексея Голицына разрешилась от бремени, «родила двух дочерей и лежала при смерти», а одна из дочерей умерла. Во многих «местах через речки и через ручьи шли пеши», а за версту до города Тотьмы «толчки с княгинями и с детьми и с жонками в воду все обломились, насилу княгинь и детей и жонок из воды вытаскали; и от того они лежали в беспамятстве многое время».

Лиха хватил и сопровождавший ссыльных стольник Скрябин. Невеселую жизнь в глухомани дополняли постоянное недовольство ссыльного Василия Васильевича, его угрозы челобитными царю. Это вызывало у Скрябина вопль отчаяния. «Истинно, государь, — жаловался он в челобитной Петру, — нигде такого мучения нет, как бедный я ноне мучусь».