Слушая рассказ, Лев Николаевич был так взволнован, что ощущал почти физическую боль. Ведь и сам соблазнил в молодости служанку Гашу, у него внебрачный сын от яснополянской крестьянки, он такой же сладострастник, как тот, о ком рассказал Кони. Толстой предлагает Анатолию Федоровичу написать эту историю для «Посредника». Узнав весной 1888 года, что тот еще не приступил к работе, просит уступить ему сюжет, что тот и делает от всего сердца. Но только в декабре 1889 года появляются первые наброски. Писатель не возвращается к ним почти пять лет. В 1895-м готов черновик полностью, но повесть еще очень короткая. Как в случае с «Войной и миром», ему нужны документальные свидетельства. Благодаря своему знакомому, прокурору Тульского суда Давыдову, автор посещает тюрьмы, беседует с заключенными, изучает работу судов. Вернувшись к первой версии романа, переделав, читает друзьям и остается недоволен: уверен, все плохо, центр тяжести совсем не там, где должен быть, аграрный вопрос ослабляет впечатление, и, скорее всего, от продолжения работы придется отказаться.

Действительно, три года Толстой к роману не притрагивался. Только необходимость помочь духоборам заставляет его вновь обратиться к своим героям. Лето и осень 1898 года посвящены им. По мере того, как работа продвигалась, рассказ становился шире, наполнялся мыслями, которые давно занимали Льва Николаевича, превращаясь в своеобразное завещание. «Стал думать о том, как бы хорошо писать роман de longue haleine, освещая его теперешним взглядом на вещи, – отметил он в дневнике в январе 1891 года. – И подумал, что я мог бы соединить в нем все свои замыслы, о неисполнении которых я жалею». Своим последователям Х. Н. Абрикосову и А. А. Шкаврану пишет: «Я так увлечен этим делом, что думаю о нем день и ночь. Думаю, что оно будет иметь значение». И сообщает Черткову: «Как ядро, приближающееся к земле все быстрее и быстрее, так у меня теперь, когда почти конец, я не могу ни о чем, нет, не не могу – могу и даже думаю, но не хочется ни о чем другом думать, как об этом».

Весь следующий год он правил гранки, менял композицию, вымарывал целые страницы, заполнял поля и оборотные стороны листов многочисленными дополнениями. Измученные редактора умоляли его отказаться от части исправлений: текст печатался в еженедельном издании, и малейшая задержка в отправке рукописи грозила остановкой публикации. Стол Льва Николаевича завален был письмами и телеграммами с напоминаниями. На помощь пришли жена, дочери, Оболенский, пьяница-переписчик Иванов. Присоединялись порой и гости. Гольденвейзер так описывал эту работу: «С чернового экземпляра Льва Николаевича поправки надо вносить на чистые гранки и приготовлять два таких экземпляра. Черновой остается дома, а чистые посылаются – один Марксу для „Нивы“, другой в Англию Черткову для английского издания. Это интересная, но кропотливая и трудная работа. Сплошь да рядом вместо одной печатной гранки приходится переписывать заново три-четыре длинных страницы. Часто поправки бывают написаны так тесно, что разбирать их приходится с помощью лупы. Кто не видел этой невероятной работы Льва Николаевича, этих бесчисленных переделок, добавлений и изменений иногда десятки раз одного и того же эпизода, тот не может иметь о ней даже отдаленного представления».

Публикация «Воскресения» началась тринадцатого марта 1899 года в «Ниве», хотя автор еще продолжал работу над последними частями рукописи.