Толстой специально приехал в Петербург, чтобы с ними проститься, – расставались на годы. Но, жалея, все же завидовал им – они страдали за правое дело, когда сам он опять остался в стороне. Лев Николаевич писал о Бирюкове и Черткове: «…радость сближения духовного, которое произошло вследствие этого события между многими и многими людьми, настолько превышает личное горе разлуки, что до сих пор не могу вызвать в себе печали, которая приличествует этому случаю. – Они все так светлы, радостны и просты, что тоже не вызывают внешних чувств сожаления. В них совершается нечто гораздо более значительное, чем та перемена места, которой их насильственно подвергают».

Софья Андреевна сопровождала мужа, возмущенная мерами, принятыми против его учеников, и даже забыла о своей неприязни к Черткову: тот вот-вот должен был исчезнуть из их жизни, и она стала находить в нем благородные черты. Графиня писала сестре, что место, которое займут в истории Толстой и его сторонники, гораздо завиднее того, что придется на долю таких, как Победоносцев. А своему другу Анненковой признавалась, что много плакала, так как считает пострадавших лучшими и самыми преданными друзьями и расстаться с ними будет мучительно. Именно в это время она увлеклась Танеевым, придуманное ею счастье мешалось с мыслями о муже, Черткове, детях, музыке. Толстой был признателен жене за сочувствие в деле духоборов.

В столице он почувствовал, что общественное мнение на его стороне. Молодые люди узнавали на улицах, подходили, говорили слова восхищения; соседи Кони высыпали посреди вечеринки на крыльцо, чтобы увидеть проходящего мимо писателя, одетого, как простой мужик; в день отъезда на перроне приветствовать его собралась толпа, которая потребовала, чтобы он показался в окне. Единственный, кто встретил холодно, была «бабушка» Александрин Толстая. Племянник не преминул высказать ей все, что думает о царе и его приближенных, она же снова стала упрекать в религиозных ошибках. Расстались недовольные друг другом: он нашел ее «мертвой», лишенной доброты, жалкой; она задавалась вопросом, как понять противоречия этой исключительной натуры – с одной стороны, любовь к истине, людям, Богу, с другой – гордость, отсутствие веры, тьма…

После возвращения из столицы настал период упадка и неуверенности. Стало окончательно ясно, что правительство, тонко рассчитав все ходы, будет преследовать не самого Льва Николаевича, но его сторонников и последователей. Ведь это лучший способ развенчать писателя в глазах общественности. Новый царь, как говорили, подражая отцу, ответил на предложение одного из придворных сослать Толстого, что не хочет добавлять к его славе ореол мученика. Тот же делился с П. Н. Гастевым, еще одним своим последователем: «Про ссылку Черткова и Бирюкова вы, верно, знаете. Все это хорошо. Одно нехорошо – то, что они меня не трогают. Они этим себе хуже делают, потому что, давая мне одному свободу говорить всю истину, они обязывают меня говорить ее… А сказать еще кажется, что нужно многое».

В стремлении окончательно себя скомпрометировать, он при любой возможности вставал на защиту своих «дорогих братьев», страдающих за Христа. У религиозных сект, которые подвергались преследованиям Победоносцева, не было теперь союзника надежнее Толстого. Узнав, что у молокан отнимают детей, якобы потому, что члены этой секты уклоняются от православия, Лев Николаевич обратился к царю: «Государь, ради Бога, сделайте это усилие, и не откладывая и не передавая это комиссиям и комитетам, сами, не подчиняясь советам других людей, а руководя ими, настойте на том, чтобы действительно были прекращены гонения за веру, т. е. чтобы отпущены были изгнанные, освобождены заключенные, возвращены дети родителям и, главное, отменены те запутанные и произвольно толкуемые законы и административные правила, на основании которых делают эти беззакония».