После дела Цыклера Петр без объяснения причин отправил своего тестя Федора Лопухина и его братьев в ссылку.

Царь четыре часа убеждал Евдокию принять монашество, обещал ей сытую и богатую жизнь в окружении столь любимой ею старины. Но супруга отказалась наотрез. Последняя обида и позорное стояние на крыльце ожесточили ее и придали твердость. Чтобы урезонить строптивицу, призвали представителей духовенства, однако те и сами не понимали, за что царь проявляет свою немилость, налагает опалу на молодую красивую жену — ведь ее нельзя было упрекнуть ни в измене, ни в бесплодии. По-видимому, царицу не только уговаривали, но и запугивали: на подмогу позвали страшного князя Ромодановского. Однако даже такое мощное давление не могло заставить ее согласиться на добровольное пострижение.

Евдокию принято изображать скудоумной и безвольной. Но она вовсе не была такой; ей просто не повезло. В другой ситуации она могла бы стать верной подругой, почитаемой и любимой богиней домашнего очага, заботливой матерью многочисленного семейства. У нее были и воля, и смелость, что в дальнейшем она и доказала. Пока же она боролась за свой сан, положение и свободу. Но борьба эта была тщетной. Петр уже давно вычеркнул ее из своей жизни, считая женщиной, не стоящей внимания.

Через три недели, 23 сентября 1698 года, простой возок увозил ее, почти ослепшую от слез, обезумевшую от отчаяния, в Покровский Суздальский монастырь. Там Евдокия должна была сменить имя и светскую одежду на монашескую рясу.

Рассказывали, что в тот день несчастная женщина прокляла мужа, пожелав ему никогда не знать ни счастья, ни женской верности.

На некоторое время царица Евдокия исчезла; появилась старица Елена.

В наказание за строптивость царь лишил бывшую жену содержания. По сути, он обрек ее на голодную смерть. Нуждаясь буквально во всем необходимом, постриженная царица просила родных прислать «всякой всячины», поскольку «здесь ведь все гнилое». «Хоть я вам и прескушна, а что же делать? — писала она с горькой иронией. — Покамест жива, пожалуйте поите да кормите, да одевайте нищую».

Общество осудило Петра за жестокое обращение с законной супругой. Многие считали поступок царя «нехристианским». Авраам Лопухин не потерял своего немалого влияния среди московского боярства. Об этом свидетельствует подметное письмо, которое Петр получил в 1708 году. В нем говорилось, что царских указов так не слушают, «как Абрама Лопухина, а в него веруют и боятся его. Он всем завладел: кого велит обвинить — обвинят, кого велит оправить — того оправят, кого велит от службы отставить, того отставят, кого захочет послать — того пошлют». Даже грозный князь-кесарь Ромодановский весьма считался с братом постриженной царицы — впрочем, первой женой Авраама была урожденная Ромодановская.

Авраам организовал сестре в Суздале сносную жизнь, не оставлял своим вниманием и заботами. Она ездила по окрестным храмам и «от многих имела решпект, яко особа высочайшая». Все единомышленники Авраама были на ее стороне.

Сочувствие опальной царице выражалось по-разному. В основном, зная о бедственном положении Евдокии, друзья, знакомые и просто сочувствующие посылали разнообразные подарки. Но в 1700 году любимец Петра, шестидесятисемилетний Рюрикович И. Б. Троекуров, третьим браком женился на родной сестре царицы — Анастасии Федоровне Лопухиной. Уже год царица Евдокия была отставлена и сослана. Стал ли подобный выбор случайным или служил проявлением убеждений Троекурова, сказать трудно. К несчастью, Анастасия овдовела через три года, и при наступлении страшных событий 1718 года муж не смог оказать ей поддержку.

После насильственного пострижения матери царевич Алексей был передан на воспитание царевне Наталье Алексеевне, любимой сестре царя.