После насильственного пострижения матери царевич Алексей был передан на воспитание царевне Наталье Алексеевне, любимой сестре царя. Наталья была известна как непримиримая ненавистница Евдокии. Свои чувства она переносила и на маленького Алексея.

Урегулировав таким способом семейные дела, проведя между прочими заботами насильственные эстетические преобразования лиц знатных подданных, Петр вернулся к своему главному делу.

30 сентября 1698 года, в день именин бывшей правительницы, начались допросы и пытки ее сторонников и просто лояльных к ней людей.

10 октября 341 стрельца доставили на Лобное место. У Покровских ворот их встретил Петр с иностранными послами. Он желал, чтобы при исполнении его кровавого правосудия присутствовали иностранцы. Осужденным был зачитан приговор, встреченный полным молчанием. Двести один человек был осужден на повешение, сто несчастных в возрасте от пятнадцати до двадцати лет биты кнутом, заклеймены и сосланы в Сибирь. Сорок человек снова пытали.

А ведь это были люди, которые бились с турками на валах Чигирина, вместе с царем ходили по бескрайней степи в Азовские походы, как кроты копали минные галереи и апроши, не жалея жизни, штурмовали крепостные стены, отбивались от татарской конницы…

Царь требовал, чтобы приближенные тоже принимали участие в казнях. У князя Голицына это плохо получалось — душа не лежала, дрожали руки… Князь Долгорукий не попал по шее, перебил стрельцу хребет. Зато Меншиков ловко и споро орудовал топором. Лефорт, несмотря на требования приятеля, категорически отказался участвовать в этой забаве, ссылаясь на обычаи своей страны. Отказался приложить руку к казни стрельцов и генерал Бломберг.

Уже упоминавшийся австриец Корб, потрясенный виденным, писал о приговоренных: «Одного из них провожала до плахи жена с детьми — они издавали пронзительные вопли. Он же спокойно отдал жене рукавицы и пестрый платок и положил голову на плаху. Другой, проходя близко от царя к палачу, сказал громко: «Посторонись, государь, я здесь лягу».

Корб издал книгу, привлекшую внимание Европы к страшной жестокости московской жизни. Впоследствии издание книги было уничтожено по ходатайству царя перед Венским двором. Российские дипломаты утверждали, что и Корб, и Гвариент писали по слухам, искаженным и сильно преувеличенным. Удалось спасти только двенадцать экземпляров. Англичане перевели это произведение и распространили его по всем европейским странам.

После стрелецкой казни, самой массовой из всех во время печально известного стрелецкого розыска, царем был устроен пир у милого друга Лефорта. Петр, у которого «разнесло щеку», страдал от зубной боли и ходил с повязкой на лице, но казался всем довольным и приветливым. Гвариент записывал в своем дневнике: «Царь оказывал себя вполне удовлетворенным и ко всем присутствующим весьма милостивым». Во время розыска пиры не прекращались ни на день. Они не мешали главной работе.

Свойство царя легко переходить от кровавых казней к хмельным застольям, при этом оставаться «всем довольным» и становиться даже более добродушным еще не раз проявится в переломные минуты его жизни.

По суровому государеву слову вместо названия «стрелец» теперь повсюду писали «солдат». Государственной пропагандой московские стрельцы были представлены соотечественникам как скопище необузданных мятежников, не готовых и не желавших нести постоянную воинскую службу. Для Московского царства, которому эти люди верой и правдой служили почти полтора столетия, они надолго стали преступниками — «ворами», злокозненными людьми.

Разобравшись со стрельцами, принялись за женщин: пытали прислугу сводных сестер царя. Непокорных прислужниц страшно истязали: били кнутом, батогами, закапывали заживо в землю… У одной из женщин во время мучений начались роды. Но нужных показаний получено не было.