Отъезд Годунова из Кремля явился свидетельством его полного поражения. Многие ожидали немедленной отставки Бориса с поста правителя. Но помимо думы, были другие силы, которые могли решающим образом повлиять на исход царских выборов.

На стороне Бориса выступил глава церкви патриарх Иов. В день 17 февраля он созвал на своем подворье соборное совещание, принявшее решение об избрании на трон Бориса. На совете присутствовали бояре Годуновы, их родня Сабуровы и Вельяминовы, некоторые младшие чины думы. Противники правителя на собор приглашены не были.

Собор, созванный главой церкви вопреки воле думы, был неправомочен. Но раскол в верхах привел к тому, что вопрос о престолонаследии был перенесен из думных и патриарших палат на площадь. Противоборствующие партии пускали в ход всевозможные средства – от агитации до подкупа, стараясь заручиться поддержкой столичного населения.

20–21 февраля патриарху удалось организовать шествия в Новодевичий монастырь. Борис долго отказывался от короны, но затем, расчетливо выждав момент, объявил о своем согласии занять трон. Не теряя времени, патриарх повел правителя в ближайший монастырский собор и нарек его на царство.

30 апреля 1598 года Годунов окончательно вернулся в столицу. Его переезд в царские апартаменты положил конец разногласиям в стане оппозиции Бояре начали понимать, что им не удастся остановить Годунова, если они не примут немедленных мер. Выступление боярской оппозиции возглавили Федор Романов и Богдан Бельский. Как доносили из России литовские разведчики, в апреле «некоторые князья и думные бояре, особенно же князь Бельский во главе их и Федор Никитич со своим братом и немало других, однако не все, стали советоваться между собой, не желая признать Годунова великим князем, а хотели выбрать некоего Симеона». Симеон понадобился боярам, чтобы воспрепятствовать коронации Бориса. Их цель по прежнему сводилась к тому, чтобы ввести боярское правление, на этот раз посредством подставного лица.

Борис не осмелился возражать Боярской думе, но постарался помешать ее деятельности под предлогом опасности татарского вторжения. В обстановке военной тревоги правителю нетрудно было разыграть роль спасителя отечества и добиться послушания от бояр.

Годунов объявил, что лично возглавит поход на татар. К началу мая полки были собраны, а бояре поставлены перед выбором. Им предстояло либо занять высшие командные посты в армии, либо отказаться от участия в обороне границ и навлечь на себя обвинения в измене. В такой ситуации руководство Боярской думы предпочло на время подчиниться.

Борис не побоялся поставить во главе государева полка боярина Федора Романова и кравчего Александра Романова. Они числились главными дворовыми воеводами.

Выступление на границу в Серпухов смело последние преграды на пути к общей присяге. Вековой обычай предписывал проводить присягу в зале заседаний высшего государственного органа– Боярской думы. Церемонией могли руководить только старшие бояре. Дума цепко держалась за старину. Но Борис не посчитался с традицией и велел целовать себе крест не в думе, где у него было слишком много противников, а в церкви, где распоряжался преданный ему патриарх Иов. Текст летней присяги состоял из пространного перечня обязанностей подданных по отношению к «богоизбранному» царю. Подданные обещали «не думать, не дружить, не ссылаться с царем Симеоном» и немедленно выдать Борису всех, кто хочет «посадить Симеона на Московском государстве». В этом пункте заключался главный политический смысл присяги. Ловким ходом Годунов разрушил планы оппозиции, замышлявшей передать трон «царю» Симеону.