Члены семей заговорщиков были наказаны сравнительно мягко, за исключением Ксении Шестовой Романовой. Ее постигла участь мужа. По свидетельству Массы, Ксению обвинили в том, что она советовалась с братьями мужа, как бы отравить Бориса. Иначе говоря, честолюбивую женщину считали душой заговора. По этой причине старицу Марфу, в миру Ксению заточили не в монастыре, где она могла оказать вредное влияние на стариц, а в пустынных погостах в Заонежье.

Летописец особо упомянул о том, что приставы морили голодом старицу Марфу и Ивана Никитича. Конечно, надо иметь в виду, что ссылка Романовых по времени совпала с ужасающим трехлетним голодом. На содержание опальных отпустили достаточные суммы, но этих денег стало не хватать, когда цены на продовольствие поднялись в десятки раз. Из переписки приставов с царем следует, что ссыльные были обеспечены провиантом. Так, стольнику Василию Романову и его холопу положено было «по калачу да по два хлеба денежных; в мясные дни – по две части говядины да по части баранины; в рыбные дни – по два блюда рыбы…да квас житный; на корм послано сто рублей денег». О полуголодном существовании узников говорить не приходится. Однако деньги по мере нарастания голода все больше обесценивались.

Сын Филарета Михаил с сестрою был сослан на Бело озеро. Дети находились там под присмотром тетки Анастасии Никитичны Романовой. На Белоозере оказалась также вся семья Александра Никитича. Опальных содержали в тюрьме.

Правитель подверг разгрому многочисленную родню Никитичей – князей Черкасских, Репниных, Шестуновых, Сиц ких, Карповых, желая лишить Романовых опоры в думе и Государевом дворе.

Все вотчины опальных были взяты в казну, имущество конфисковано и пущено в распродажу.

В четыре года Михаил Романов лишился отца, постриженного в монахи и заточенного в тюрьму. Даже освобожденный из тюрьмы Филарет не мог вести прежнюю жизнь, так как его жена также стала инокиней. Возврат к мирской жизни им был заказан.

Ребенок, потерявший отца, по понятиям того времени был сирота. До четырех лет Михаил жил в семье, считавшейся одной из самых богатых в России и к тому же претендовавшей на корону. Переход от жизни в боярском тереме к жизни ссыльного стал для него едва ли не самым сильным впечатлением детства. Несовершеннолетний тюремный сиделец, по словам летописи, провел на Белоозере «немалое время».

Покарав Романовых и их родню, Борис смягчил наказание тем из них, кто уцелел. Филарет был оставлен в монастырском заточении, зато калека Иван Романов был переведен в Уфу, а оттуда на службу в Нижний Новгород.

Сестра Филарета, его сын Михаил и дочь вместе со снохой – женой Александра Никитича были отпущены с Бело озера в вотчину Романовых село Клины в Юрьеве Польском. Их отнюдь не освободили из под стражи. Приставами при них были назначены дети боярские Давыд Жеребцов и Василий Хлопов. Царь наказал им печься об узниках, «чтобы дворовой никакой нужды не было: корму им давать вдоволь, покоить всем, чего ни спросят; а не так бы делал, как писал прежде, что яиц с молоком даешь не по многу; это ты делал своим воровством и хитростию; по нашему указу велено тебе давать им еды и питья во сем вдоволь, чего ни захотят».

Доходы с вотчины поступали в казну. Зато узников кормили вдоволь. Михаил пробыл в вотчине до смерти Бориса.

Филарет оставался в северном монастыре. Сохранились отписки 1602 года с предписанием приставам пресекать любые сношения опального с внешним миром.