Палата общин собралась вновь 20 октября в Вестминстере, но ее ряды поредели. Чума все еще продолжала свирепствовать в столице, и парламентарии не спешили приступать к работе. Демобилизованные солдаты представляли явную опасность, и надписи, появлявшиеся на стенах домов, содержали открытые угрозы Пиму и парламенту. Какой-то злоумышленник послал ему грязную рогожу, которая, как утверждали, была заразной, взятой у чумного больного. Лондонские отряды ополченцев под командованием графа Эссексского охраняли палату общин от возможного нападения городских смутьянов. Страх насилия мешал дебатам парламентариев, которые обсуждали «инцидент» и его допустимую связь с армейским заговором, и Пим предложил для рассмотрения новые свидетельства этого дела.

Лорд-хранитель Литтлтон 1 ноября официально сообщил парламенту новость о восстании в Ирландии. Пим сразу обратил внимание на двор, заявив о просьбе представить точный список слуг королевы. Ее духовник, отец Филип, отказался ответить на вопросы, поставленные ему парламентом, под тем предлогом, что не может клясться на протестантском переводе Библии. По правде говоря, отец Филип ничего не знал об ирландском восстании, но опасался, что при ответе на вопросы случайно откроются неудобные факты о продолжавшихся дружественных связях королевы с Ватиканом.

Палата общин, надеясь обнаружить иностранных агентов, стоявших за всеми проблемами в Ирландии, перехватывала все письма из Дублина к послам католических держав в Лондоне и взломала дипломатическую почту испанского посла. Но опасность иностранного вмешательства в ирландское восстание была не столь серьезной угрозой по сравнению с тем, какие последствия оно могло иметь для внутренней политики страны. Джон Пим, так же как и король, понимал, что должен использовать происходящие события для укрепления власти парламента в борьбе против короля, и одновременно видел, каким образом этим может воспользоваться король. Необходимо было провести мобилизацию армии для подавления ирландского мятежа. Основной целью короля в его борьбе против парламента было именно установление контроля над вооруженными силами. Пиму было очевидно, что переданные в подчинение королю войска будут им использованы не только для подавления ирландского восстания, если вообще собирался их для этого использовать. Год назад король действительно намеревался задействовать ирландскую армию против шотландцев и – это было частью обвинения Страффорда – хотел даже использовать ее против своих противников в Англии. Эта распущенная ирландская армия теперь объединилась с мятежниками; некоторые ее офицеры встали во главе повстанческих отрядов. Кто мог с уверенностью гарантировать, что король не установит связь с этими людьми? Они сами утверждали, что восстали не против него, а только против его врагов. В начале ноября в Лондон пришло известие: восставшие ирландцы заявили, что король высадится на побережье Ольстера и возглавит их.

5 ноября в палате общин прошел благодарственный молебен в годовщину неудавшегося папистского Порохового заговора 1605 года. В торжественной обстановке Пим обратился к членам палаты общин и заявил, что они готовят послание королю, находившемуся в Шотландии, с просьбой прояснить, какие меры им следует предпринять против ирландских мятежников. Никакие предложения и планы парламентариев, никакие городские кредиты, ни сбор оружия и формирование армии не помогут подавить восстание, утверждал Пим, до тех пор, пока король раз и навсегда не избавится от всех «зловредных советников». Он должен согласиться допустить в круг своих слуг и советников только тех людей, которых ему предложит парламент. Требование было настолько удивительным, что Эдуард Хайд, до этого поддерживавший Пима в каждом рассматриваемом вопросе, осмелился возразить. Но Пим никогда не предлагал нечто новое, он просто указал на прецедент в истории, имевший место в правление короля Эдуарда III.