При Екатерине II Тайной экспедицией руководил С. И. Шешковский, о котором А. С. Пушкин записал такой рассказ современника: «Потемкин, встречаясь с Шешковским, обыкновенно говаривал ему: „Что, Степан Иванович, каково кнутобойничаешь?“ На что Шешковский отвечал всегда с низким поклоном: „Помаленьку, ваша светлость!“»

Дом на Лубянской площади, в котором до этого находилось Рязанское подворье (рязанского архиепископа), в 1774 году по высочайшему повелению заняла комиссия, ведшая следствие «о изменнике Пугачеве», и затем дом был определен под помещение для Московской Тайной экспедиции.

В «Новом путеводителе по Москве», изданном в 1833 году, о нем говорится: «Старожилы московские еще запомнят железные ворота сей Тайной, обращенные к Лубянской площади; караул стоял во внутренности двора. Страшно было, говорят, ходить мимо».

О том же, что в действительности творилось за железными воротами, приходилось довольствоваться лишь слухами и догадками: с тех, кто там побывал и вышел оттуда, брали подписку, что он будет молчать о том, что видел и слышал, о чем его спрашивали и что с ним делали.

В 1792 году в Московскую Тайную экспедицию был взят Н. И. Новиков. Говоря о двуличности Екатерины II, «Тартюфа в юбке и в короне», А. С. Пушкин писал: «Екатерина любила просвещение, а Новиков, распространивший первые лучи его, перешел из рук Шешковского в темницу, где и находился до самой ее смерти».

Павел I повелел выпустить узников, заключенных Екатериной II в тюрьмы Тайной экспедиции. Современник рассказывал об освобождении арестантов из Московской Тайной экспедиции: «Когда их выводили во двор, они и на людей не были похожи: кто кричит, кто неистовствует, кто падает замертво… На дворе с них снимали цепи и развозили кого куда, больше в сумасшедший дом». Александр I в 1801 году, снова, как его дед, уничтожил Тайную экспедицию. Дом на Лубянке перешел к городу, в нем помещались затем разные учреждения.

С годами о застенке на Лубянской площади стали забывать. Неожиданно он напомнил о себе сто лет спустя. В. А. Гиляровский в очерке «Лубянка» рассказывает: «В начале этого столетия возвращаюсь я по Мясницкой с Курского вокзала домой из продолжительной поездки — и вдруг вижу: дома нет, лишь груда камня и мусора. Работают каменщики, разрушают фундамент. Я соскочил с извозчика и прямо к ним. Оказывается — новый дом строить хотят.

— Теперь подземную тюрьму начали ломать, — пояснил мне десятник.

— А я ее видел, — говорю.

— Нет, вы видели подвальную, ее мы уже сломали, а под ней еще была, самая страшная: в одном ее отделении картошка и дрова лежали, а другая половина была наглухо замурована… Мы и сами не знали, что там помещение есть. Пролом сделали и наткнулись мы на дубовую, железом кованную дверь. Насилу сломали, а за дверью — скелет человеческий… Как сорвали дверь — как загремит, как цепи звякнули… Кости похоронили. Полиция приходила, а пристав и цепи унес куда-то.

Мы пролезли в пролом, спустились на четыре ступеньки вниз, на каменный пол; здесь подземный мрак еще боролся со светом из проломанного потолка в другом конце подземелья. Дышалось тяжело… Проводник мой вынул из кармана огарок свечи и зажег… Своды… кольца… крючья…

Дальше было светлее, свечку погасили.

— А вот здесь скелет на цепях был.

Обитая ржавым железом, почерневшая дубовая дверь, вся в плесени, с окошечком, а за ней низенький каменный мешок… При дальнейшем осмотре в стенах оказались еще какие-то ниши, тоже, должно быть, каменные мешки».

На месте бывшей Тайной экспедиции было построено здание для Духовной консистории — синодской канцелярии.