В 1812 г. войска императора Наполеона, вторгшиеся в Россию, добрались, наконец, и до Белокаменной. В Петровско-Разумовском расположились на постой конная армия и штаб маршала Нея, пожалованного французским императором титулом «князя Москворецкого»; сюда, если верить бытописателям, приезжал и сам Наполеон. Петропавловский храм, как водится, осквернили и ограбили, взяв из него все, что не успели спрятать хозяева. Многие деревья в московском Тюильри порубили на дрова, а при прощании с негостеприимной столицей запалили графскую усадьбу, предварительно вывезя из нее картины, скульптуры и книги. По окончании Отечественной войны граф Лев Кириллович, посокрушавшись о содеянном, снова взялся за восстановление Петровско-Разумовского, преуспев в этом деле так, что со временем усадьба ничем не отличалась от своего прежнего великолепия, разве что меньшим количеством деревьев.

В 1818 г. граф Разумовский умер, не оставив после себя наследников, и с его смертью пресеклась история этого родового владения. Супруга пережила графа на 47 лет. Законных детей Разумовский не имел; у него были воспитанник, Ипполит Иванович Подчаский, и две воспитанницы. В 1820 г. усадьба была куплена московским градоначальником князем Долгоруковым, а в 1829 г. перепродана им за 210 тыс. руб. безвестному московскому аптекарю П.А. фон Шульцу. Фармацевт, чуждый романтике допетровской Руси и блистательной екатерининской эпохи, принялся сдавать его в аренду кому попало, повелел вырубить деревья на дрова, использовать земли под сенокосы на продажу и под обустройство дач. Все, что могло хоть в малой степени приносить доход помимо строго аптекарской деятельности, было пущено в оборот. Ничто не останавливало предприимчивого фон Шульца от извлечения вожделенной прибыли. Если даже в «купчих» запрещалось рубить ценные деревья, по распоряжению фармацевта их просто пилили. Без прежних крупных вложений нового владельца в усадебное хозяйство – обветшавший дворец с каскадом прудов – оно быстро пришло в упадок. Некогда тенистые сады Разумовского стали совершенно запущенными. Об этом стало известно государю Александру II, распорядившемуся выкупить за условленные средства из казны усадьбу Разумовского, отдав ее под учрежденную Сельскохозяйственную академию, как хотел устроить еще сам Петр Великий. В январе 1861 г. Министерством Двора и уделов усадьба по высочайшему повелению была выкуплена в казну за 250 тыс. руб. «с целью учреждения агрономического института, фермы и других сельскохозяйственных заведений»; ее стали перестраивать под новое, столь необходимое в то время учебное заведение. Оно было названо Петровской земледельческой и лесной академией, по названию места, где располагалась.

3 декабря 1865 г. Петровская земледельческая и лесная академия открылась для всех желающих получить сельскохозяйственное образование. Домовая Петропавловская церковь графов Разумовских стала домовым храмом Петровской академии. Он вновь обрел важное практическое назначение. Первым настоятелем академического Петропавловского храма и преподавателем богословия в академии стал профессор о. Яков Головин. Своими усилиями отец Яков обустроил собственный деревянный дом с мезонином на Вязовой улице в Петровско-Разумовском, получивший обиходное название «дома священника». Его сын, Александр Яковлевич Головин, избравший тропу изящных искусств, стал впоследствии известным русским художником. В Третьяковской галерее есть картина «Грот в старом парке», созданная Головиным под впечатлениями детства. А в 1907 г. директором института стал профессор-почвовед В.