Непоколебимый Махфуз, одержимый тем же патриотизмом, что и его наставник Мусса, продолжил свой труд на писательском поприще еще двумя новеллами на тему эры фараонов: «Радубис» («Радопис Нубийская», 1943) и «Кифа Тиба» («Война и Фивы», 1944) и небольшими рассказами о Древнем Египте. Некоторые из них, в частности названные выше и такие, как «Пробуждение мумии» («Ягзат эль-мумийя», 1939), он использовал в качестве средств для критики текущих социальных и политических проблем под завесой исторической правдоподобности. Вдохновляясь романами Вальтера Скотта, он, по его же словам, намеревался создать серию из сорока новелл, которая вобрала бы в себя всю историю Древнего Египта. Хотя он и получил свою первую литературную награду за «Радописа Нубийской», а общественное признание — за «Войну и Фивы», ни одно из трех произведений Махфуза о фараонах не имело коммерческого успеха. Почему-то большинство критиков отзывались о них не слишком лестно. Может быть, то, что происходило в мире в те годы, волновало людей гораздо больше, чем дела давно минувших эпох.

Самым признанным из арабских писателей-романистов Нагиб Махфуз стал благодаря легендарной каирской трилогии — Прогулка во дворце», «Дворец страсти» и «Сахарная улица», события в которой главным образом развиваются в Гамалийе и Абазии во временном периоде между двумя мировыми войнами, за которую он 1957 году получил государственную премию. Два года спустя воинствующие шейхи-исламисты организовали массовые марши протеста против его следующего романа «Авлад харатина» («Дети переулка») — аллегории восхождения человечества и его конфронтации с тиранией со времен сотворения мира и до наших дней. Роман публиковался в ежедневной каирской газете «Аль-Ахрам». Отдельной книгой в своей стране этот роман так и не вышел, был запрещен. (В октябре 1994 года религиозный фанатик дважды ударил ножом Махфуза в шею из-за того, что он не раскаялся за написание этого романа. Это нападение едва стоило писателю жизни, и он замолчал на четыре с лишним года.) Потом будучи государственным служащим сначала в Министерстве религиозных дел, а затем работая в Министерстве культуры (до отставки в 1971 году), Махфуз тем не менее написал около шестидесяти художественных произведений, большей частью о Каире XX века. За семьдесят лет писательской жизни он перешел от жесткого реализма к различным формам аллегории, ведь именно аллегорически, иносказательно можно было описывать так называемые сны пробуждения, которые с блеском дают отпор критикам и фанатикам разного толка. Историк, исследователь, писатель, переводчик — Махфуз и сегодня безусловно превосходит многих своих коллег соотечественников.

Одновременная публикация трех ранних «фараоновых романов» Махфуза на английском языке, приуроченная к девяносто второму дню его рождения, исправила несправедливость по отношению к египетскому писателю. Издательство Американского университета в Каире начало публикации в 1998 году. Первым был выпущен в свет роман «Эль-Аииш фи-ль-хакика» («Эхнатон: живущий в истине», написан в 1985 году). Затем последовало издание сборника рассказов «Голоса с другой стороны: истории Древнего Египта».