Уже известный нам историк Б.И. Гаврилов в своей книге «В борьбе за свободу» вынужден признать наличие некой загадки в истории смерти Вакуленчука, Он пишет «Источники (имеются в виду исторические источники, повествующие об обстоятельствах мятежа. — В.Ш.) не содержат серьезных противоречий, за исключением вопроса о смерти Г.Н. Вакуленчука. Некоторые потемкинцы утверждают, что в ответ на возмущение команды приказом о расстреле И.И. Гиляровский выхватил револьвер и убил Г.Н. Вакуленчука, подозревая в нем вожака матросов, смерть которого и послужила сигналом к восстанию. Другие свидетельствуют, что Вакуленчук погиб уже в ходе восстания. Последняя версия представляется наиболее верной, так как подтверждается документами следствия. Разделяет ее и ряд историков. Однако обстоятельства гибели Г.Н. Вакуленчука остаются все же не совсем ясными. Но поскольку большинство потемкинцев пишут о рукопашной схватке между Г.Н. Вакуленчуком и И.И. Гиляровским в разгар борьбы на палубе, то на основании мемуаров и документов следствия можно предположить следующее.

После раздачи оружия в батарейной палубе Г.Н. Вакуленчук вышел наверх и в погоне за лейтенантом А.К. Неупокоевым забежал на башню. Здесь его ранил из винтовки И.И. Гиляровский, но Вакуленчук бросился на него и вырвал винтовку. В это время сзади в Вакуленчука выстрелили строевой квартирмейстер А.Я. Денчик и один из караульных, тяжело ранив его в голову и спину. Теряя сознание, Вакуленчук упал на палубу, залив ее кровью. В этот момент за башню забежал А.Н. Матюшенко. Он застрелил И.И. Гиляровского, но не оказал помощи П.Н. Вакуленчуку, считая его убитым. Затем Матюшенко отошел от башни и взял на себя руководство восстанием

Г.Н. Вакуленчук, придя в сознание, хотел добраться до лазарета, но силы оставили его. Он схватился за бортовой леер (ограждение) и упал в море, где его подобрали матросы с шестерки, стоявшей у трапа». Согласно воспоминаниям Матюшенко, смертельно раненный Вакуленчук «добежал до борта, ухватился руками за леер и упал за борт».

Версия потемкинца Лебедева выглядит несколько иначе: «Первым был убит лейтенант Неупокоев. После первых выстрелов офицеры, окружавшие старшего офицера, разбежались. Старший офицер, оставшись один и увидев себя окруженным матросами, выхватил у одного из остолбеневших от неожиданности и страха часовых винтовку и выстрелом из нее смертельно ранил матроса Вакуленчука, который шел на него с винтовкой в руках. Другой матрос, все время старавшийся не упускать из вида старшего офицера, прицелился в него в тот момент, когда офицер уже выстрелил в Вакуленчука; офицер, обливаясь кровью, упал на палубу».

Вот весьма оригинальная версия потемкинца И. Старцева. По этой версии, Вакуленчук является старшим караула, который должен усмирить недовольных. Он дерется на кулаках с Гиляровским, и тот убивает Вакуленчука из револьвера. Самому же Гиляровскому разбивает голову прикладом Матюшенко. И. Старцев рассказывает: «Разводящим караула был матрос Вакуленчук(!!!). Он обращается к старшему офицеру Гиляровскому: “Ваше высокоблагородие, дайте мне распоряжение командовать караулом!” И тут же в ответ дает команду: “К ноге!” Гиляровский бросается к Вакуленчуку, и между ними начинается борьба за винтовку. Гиляровский улучил момент, вытащил револьвер и выстрелил в Вакуленчука Вакуленчук упал. В это время слышим: “Бей драконов! Бей паразитов!” — это Матюшенко бежит с батарейной палубы с винтовкой вверх прикладом и с размаху бьет по голове Гиляровского, который не ожидал этого удара. Он падает».

А вот уже версия матроса Г. Полторацкого, который полностью опровергает И. Старцева. По версии Г. Полторацкого, Вакуленчук вовсе не был разводящим караула, который должен был осуществлять казнь, а, наоборот, он был среди тех, кого собирались казнить.