Не слишком удачным оказался и выбор членов судовой комиссии. Из воспоминаний И. Лычева: «Судовая комиссия оказалась недостаточно способной организовать и сплотить всю команду в крепкую революционную силу. Между тем у нас на судне имелось немало отсталых матросов, лишь стихийно примкнувших к восстанию и готовых впасть в уныние при первой же неудаче. В наших рядах притаились предатели, по преимуществу боцманы и кондуктора, которых мы пощадили, вняв их униженным мольбам в момент захвата броненосца… Они лихорадочно развивали на корабле подрывную работу: сеяли неверие в успех восстания, распускали панические слухи, порочили членов судовой комиссии. Они доказывали колеблющимся, что только таким путем матросы добьются смягчения суровой кары, которая ожидает их после подавления восстания, а то, что оно будет подавлено, по утверждению гнусных предателей, не вызывало ни малейшего сомнения».

Что касается избранного командиром «Потемкина» прапорщика запаса по морской части Алексеева, то это был сугубо гражданский человек — штурман коммерческого флота, призванный на флот в связи с началом Русско-японской войны и с нетерпением ожидавший увольнения в запас. Об артиллерии, минном оружии и о военно-морской тактике он имел самое отдаленное представление. При этом даже в коммерческом флоте он никогда не командовал никаким судном, что уж тут говорить о новейшем броненосце. Единственное, что мог делать Алексеев, это перевести корабль из пункта «А» в пункт «Б».

Около 6 часов вечера на одесский рейд из Николаева пришло вспомогательное судно «Веха». Став на якорь, ничего не знавший о мятеже командир «Вехи» полковник корпуса флотских штурманов Эйхеп прибыл на броненосец с рапортом С него сразу сорвали погоны, потом избили, связали и посадили под арест. Затем на «Потемкин» привезли остальных офицеров «Вехи» и судовую кассу. Матюшенко хотел учинить расправу над офицерами, но большинство команды этому воспротивилось. Из-за этого между сторонниками Матюшенко и остальной командой броненосца едва не произошло столкновение. Побоявшись идти на открытое противостояние, Матюшенко вынужден был отступить. В тот же вечер оставшихся в живых офицеров «Потемкина» и офицеров «Вехи» свезли на берег. Присоединение «Вехи» на время успокоило команду, и на «Потемкине» опять заговорили о десанте в город.

Б.И. Гаврилов в своей книге «В борьбе за свободу» пишет: «Десант был бы вполне возможен даже при наличии имевшихся неблагоприятных условий. Высадке его мешали предательство одесских меньшевиков и нерешительность судовой комиссии, которая объясняется оторванностью ее от борьбы рабочих Одессы. Последнее чрезвычайно важно, ибо настроение всей команды и тактика судовой комиссии резко изменились на следующий же день, 16 июня, под влиянием известий о событиях в городе, когда потемкинцы приняли решение о бомбардировке и высадке десанта».

Однако, поразмыслив, потемкинцы от высадки десанта отказались, в общем-то, правильно поступив. Десантники из матросов, которые два или три раза стреляли из винтовок в учебных отрядах, были самые аховые, их бы просто перебили солдаты гарнизона. Это потемкинцы и сами прекрасно понимали, а потому к идее десанта отнеслись отрицательно: одно дело сидеть под защитой брони и совсем иное — лезть голой грудью под пули.

Тогда Матюшенко, Фельдман и Березовский изменили тактику и стали склонять остальных членов судовой комиссии на расстрел Одессы из пушек.