Учитывая это, народный комиссар Военно-Морского Флота Н. Г. Кузнецов считал целесообразным вторжение на остров Хоккайдо произвести после освобождения Южного Сахалина через пролив Лаперуза, о чем им было доложено маршалу A. M. Василевскому 19 августа. Но это предложение сначала не было принято, вероятно, в связи с тем, что действия на Сахалине еще только развертывались, а ставка главкома торопилась и требовала проведения операции в период с 19 августа по 1 сентября.

Согласно указаниям ставки A. M. Василевского операцию по овладению северной частью острова Хоккайдо и южными островами Курильской гряды планировалось провести следующим образом. 87-й стрелковый корпус высадить непосредственно в порт Румоэ (центральная часть острова Хоккайдо) тремя последовательными эшелонами, по одной дивизии в каждом эшелоне. Соответственно намечались три этапа операции. На первых двух этапах предполагалось овладеть портом и городом Румоэ, а на третьем — высадить дивизию для последующего наступления через Хоккайдо на южные острова Курильской гряды.

В случае серьезного противодействия японцев вся высадка в целом в большой степени зависела бы от успеха первого броска десанта, поэтому командование флота сочло необходимым в составе первого эшелона, непосредственно перед высадкой головной 355-й стрелковой дивизии 87-го стрелкового корпуса, высадить 354-й отдельный батальон морской пехоты. Морская пехота, имевшая соответствующую подготовку и опыт десантных действий, должна была, высадившись первой, овладеть портом и подготовить его для высадки основных сил десанта и базирования кораблей флота.

Переброску десанта морем намечалось осуществить крупными транспортами и кораблями отряда легких сил флота. Переход, высадка и бой на берегу должны были обеспечиваться разнородными силами флота и авиации. Первый бросок в составе 354-го отдельного батальона морской пехоты и одного стрелкового полка должен был двигаться на шести десантных судах в охранении четырех эскадренных миноносцев и шести торпедных катеров. Последним надлежало выйти из бухты Владимира. В случае противодействия японцев эскадренные миноносцы предназначались для использования в качестве кораблей артиллерийской поддержки. Торпедные катера, при благоприятных условиях, могли быть использованы в качестве высадочных средств первого броска. Выход рассчитывался так, чтобы первому броску быть в районе Румоэ на два часа раньше подхода основных сил стрелковой дивизии. Основные силы дивизии предполагалось перевезти на транспортах в охранении четырех фрегатов, четырех тральщиков и четырех катеров «БО».

Чтобы лишить противника возможности внезапно ввести в Японское море корабельную группировку из тихоокеанских баз, со стороны проливов Сангарского и Лаперу-за на четырех позициях развертывались четыре подводные лодки с задачей разведки и уничтожения японских боевых кораблей. На аэродромах Владимиро-Ольгинской военно-морской базы было сосредоточено до полка бомбардировщиков «ДБ-23», полк «Як-9» и 20 «Як-9Ю». Десант на всем пути следования и при бое за высадку должен был прикрываться истребительной авиацией.

Начиная с 19 августа должна была вестись разведка, преимущественно воздушная, портов и военно-морских баз южной части Сахалина, острова Хоккайдо, Сангарского пролива и подходов к западному побережью Хоккайдо с таким расчетом, чтобы корабли противника не могли пройти, не будучи обнаруженными.