Особо решался вопрос о действиях бомбардировочной авиации. При высадке десанта в обычных условиях она должна была предварительными бомбовыми ударами подавить оборону противника, подготовить участки высадки и отсечь резервы. В данном случае эти действия исключались, поскольку не были известны действительные намерения противника. Исходя из предположения, что, возможно, он не собирался оказывать сопротивление, предварительную воздушную подготовку проводить не планировалось, чтобы не допустить ненужные разрушения и жертвы среди населения Японии. Учитывая это, предусматривалось, что бомбардировочная и торпедоносная авиация в момент подхода кораблей к Румоэ займёт зону ожидания над портом и удар будет наносить лишь в случае необходимости по сигналу командира высадки. Для этого выделялся авиационный полк, а два других находились на аэродромах в немедленной готовности.

В соответствии с изложенным планом Военный совет Тихоокеанского флота в полдень 19 августа отдал боевой приказ № 0018 и организационный приказ № 007. Последний устанавливал состав сил и организацию командования. Согласно приказу для перевозки войск выделялось шесть десантных судов и шесть транспортов. В качестве сил охранения и поддержки назначались лидер «Тбилиси», три эскадренных миноносца («Резвый», «Разящий», «Рьяный»), четыре сторожевых корабля, четыре тральщика типа «AM», четыре катера «БО» и шесть торпедных катеров.

Командиром высадки был назначен контр-адмирал И. Г. Святов, флаг которого должен был быть на лидере «Тбилиси», командиром высадки войск первого эшелона — капитан 3 ранга М. Г. Беспалов (флаг на «СКР-9»).

Начать десантирование войск на Хоккайдо предполагалось на рассвете 24 августа, что было связано с расчетами завершить к этому времени освобождение Южного Сахалина, поэтому срок готовности кораблей и десантных частей был определен 18 часами 20 августа. Учитывая время, необходимое на рассылку приказа и отдачу предварительных распоряжений, на подготовку частям и кораблям оставалось менее суток. Однако в 9 часов 21 августа боевой и организационный приказы были отменены и отданы новые.

Как же развивалась ситуация в этот период? 18 августа маршал A. M. Василевский, не имея подтверждения со стороны Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина относительно конкретных сроков проведения операции, напомнил о предварительных указаниях Сталина в шифрограмме на имя членов Ставки ВГК Н. А. Булганина и А. И. Антонова. Однако в течение двух дней никакого ответа не последовало. Тем временем необходимые приготовления начались.

О ходе подготовки десантной операции на Хоккайдо маршал A. M. Василевский систематически докладывал лично Верховному Главнокомандующему И. В. Сталину. Так, в очередной шифровке от 20 августа 1945 г. в5.00 A. M. Василевский докладывал: «В настоящее время я и командование первым Дальневосточным фронтом серьезно заняты подготовкой десантной операции на остров Хоккайдо. Сейчас ведем морскую разведку, готовим авиацию, артиллерию, пехоту и транспортные средства. С Вашего разрешения морскую операцию здесь начнем после занятия южной части Сахалина, ориентировочно 22.8.45». 20 августа 1945 г. после полудня (точное время предстоит ещё выяснить) И. В. Сталин подтвердил указание подготовить 87-й стрелковый корпус для участия в десантной операции на остров Хоккайдо. Маршал A. M. Василевский, реализуя указания Ставки Верховного Главнокомандования, в 14 часов 20 августа 1945 г. дал указание командующим войсками 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов, командующему Тихоокеанским флотом и командующему Военно-воздушными силами на Дальнем Востоке быть готовым к проведению операции на остров Хоккайдо к исходу 23 августа 1945 г. Однако в этой же шифрограмме A.