Внешнеполитические неудачи не заставили литовского князя Витовта отказаться от планов захвата русских земель. Несмотря на восстания, вспыхивающие на захваченных ранее русских землях, он продолжает вторгаться на пограничные земли Московского княжества. Его угроза Новгороду в 1406 году вызвала ответные походы московских военных сил. Нестабильность внутриполитического положения в стране, а также усилившееся военное давление со стороны тевтонских рыцарей, побудили Витовта к заключению мира.

В результате внутренних междоусобиц среди татаро-монгольских ханов власть в Золотой Орде перешла к ставленнику Тимура эмиру Едигею. С целью восстановить прежнюю зависимость Руси от Орды тот в 1408 году предпринимает поход на русские земли. Военные силы Едигея разорили Серпухов, Дмитров, Ростов, Переяславль, Нижний Новгород и другие города. Однако овладеть Москвой Едигей так и не смог. Продержав около месяца город в осаде, Едигей потребовал откуп и отвел свои войска. Отражение набегов татаро-монгольских захватчиков осложняла междоусобная борьба русских князей.

Длительная война между сторонниками централизованной великокняжеской власти и боярами самостоятельных княжеств разгорелась во второй четверти XV века. Войну начал князь удельного Галицкого княжества Юрий Дмитриевич с сыновьями. Внешнеполитическая обстановка благоприятствовала замыслам галицкого князя. В это время литовский князь Витовт в союзе с тверским князем Борисом начал наступление на Псков и Новгород. На сторону захватчиков перешли князья рязанский и пронский.

Войска галицкого князя дважды занимали Москву, заставляя бежать московского князя Василия II Васильевича. Смерть Юрия не прервала феодальных распрей между князьями. Борьбу противников великокняжеской политики возглавили сыновья Юрия — Василий Косой и Дмитрий Шемяка. Территория, охваченная военными действиями, расширялась. Война уже вышла за пределы Московского княжества. В войну оказались втянуты Новгородская боярская республика, земли владений Хлынова, Вологды, Устюга.

Положение осложнялось вмешательством в разгоревшуюся войну соседних государств. Так польский король и великий князь литовский Казимир IV заключил с новгородскими боярами договор, согласно которому он поручал право собирать контрибуцию с некоторых новгородских областей, а также назначать своих наместников в новгородские пригороды.

Не оставляла попыток подчинить новые земли сфере своего влияния и римская курия. Война с Турцией вынудила Византию просить о помощи папу и западноевропейские государства. Византия начала вести переговоры о церковной унии. Кандидатом в митрополиты на Русь византийское правительство предложило грека Исидора, который был сторонником заключения церковной унии. В 1437 году Исидор прибыл в Москву, а затем отправился в Италию, в Феррару и Флоренцию, где активно выступал за проведение унии. В 1439 году на Флорентийском соборе было принято постановление об унии церквей на условиях принятия православной церковью католических догматов и признания главенства римского папы при сохранении православных обрядов. Однако представители русской православной церкви отказались подписать акт об унии. По инициативе великого князя Василия II собор высших иерархов русской церкви вынес решение о низложении Исидора.

В 1448 году митрополитом был утвержден уже управляющий фактически делами русской церкви епископ Иона. Константинопольский патриарх признал это решение незаконным и отлучил русских от церкви. Таким образом, русская церковь приобрела независимость от византийской церкви, что повысило ее политические позиции.

Татарские князья по-прежнему стремились к захвату русских земель и упрочнению своей власти над ними. Во второй четверти XV века татаро-монгольские нападения на Русь участились.