В такой политической обстановке в Москве был разработан план военного похода на Новгород. Несколько княжеств выставили свои дружины для участия в походе. Помощь, на которую рассчитывали новгородские бояре, оказана им не была. Литовский князь Казимир IV опасался восстаний на захваченных им русских территориях. Русское население в Литве поддерживало политику московского князя и надеялось на его помощь в борьбе с литовскими захватчиками. Литовский наместник тоже уехал из города. Войско, которое наспех собрали новгородские бояре, обладало слабой боеспособностью и не желало сражаться с московским войском за боярские интересы. В сражении на реке Шелони новгородское войско потерпело поражение.

В местечке Коростыни был заключен договор, по которому Новгородская республика теряла всякое право вести самостоятельную внешнюю политику. Новгородские бояре обязались быть «неотступными» от Московского княжества и прекратить сепаратные отношения с Литвой. Однако Новгород еще не был включен в состав единого централизованного государства, потому что политическая власть боярства была еще достаточно сильна. Чтобы подорвать политическое значение своих потенциальных противников, Иван III использовал в желательном для себя направлении вражду новгородского посада к местному боярству.

В 1475 году Иван III совершил поездку в Новгород. Во время своего там пребывания он разбирал жалобы от крестьян и ремесленников на бояр. После разбора он осудил виднейших представителей новгородского боярства, которые были связаны с Литвой. Их он отправил в ссылку в Москву и другие города. Эти репрессии, которые московский князь обрушил на новгородское боярство, снискали ему на время поддержку «черных людей». Кроме того, была обескровлена боярская оппозиция.

Новый поход московского войска на Новгород был организован в 1477 году. Новгородское правительство было вынуждено просить Ивана III о мире. Московский князь согласился на мир при условии введения в Новгородской земле порядков, уже существовавших во всех остальных областях русского централизованного государства. Через год это условие было официально ратифицировано новгородским правительством. Вечевой колокол — символ независимого Новгорода — был снят и отправлен в Москву. Основная часть новгородских земель перешла во владение Москвы.

Земли Карелии вошли в состав Русского государства одновременно с Новгородом. Значительная часть карельских земель находилась под властью новгородских бояр. Широко здесь было развито земледелие, рыбные промыслы и охота. Из ремесел особенно выделялись кузнечное дело, судостроение и ткачество. На Беломорском побережье производилась выварка соли. В Карелии существовали города, из которых наиболее крупными были Корела и Орехов.

Издавна жизнь карельского народа была тесно переплетена с судьбой русского народа. Оба народа жили на одной территории, происходило постоянное взаимодействие в области культурного обмена. Например, общими мотивами пронизаны русские былины и карело-финский эпос «Калевала».

Область в верховьях Вычегды и Камы, населенная народом коми, имела важное стратегическое значение. В 1472 году «Великая Пермь» была включена в состав Русского государства, открыв тем самым путь в Зауралье. Югорскую землю населяли вогулы (манси) и остяки (ханты). В 1483 году туда была отправлена экспедиция во главе с Федором Курбским. Экспедиция побывала на Тоболе, Иртыше, Оби и привела к зависимости от Москвы ряда югорских князьков. В 1489 году московские войска взяли главный город Вятской земли — Хлынов. Москва приобрела новые территории и, соответственно, доходы. Одновременно шла колонизация «черных людей» за Урал.

Тверское княжество потеряло свою самостоятельность вслед за потерей независимости Новгородом. Бояре и служилые люди, чувствуя бесполезность дальнейшего сопротивления московскому князю, стали переходить к нему на службу. Тверское купечество, заинтересованное в расширении торговых связей, тоже не поддерживало своего князя.