Ущелье Боам и Санташ – две противоположные точки на Иссык Куле. Это ворота в котловину, через которые вторгаются воздушные массы, приносящие смену погоды. Через них происходило проникновение растений и животных в котловину, опустошенную в период максимального оледенения. С востока распространялась горно луговая и лесная флора и фауна, с запада – пустынная и полупустынная. Так возникла на Иссык Куле асимметрия растительного и животного мира. Она поддерживается и в наше время благодаря заметным климатическим различиям.

Запад Прииссыккулья получает атмосферную влагу по «пустынной норме» – всего сто миллиметров в год. Восток – впятеро больше. Может сложиться впечатление, что для Иссык Куля океан – источник влаги – находится на востоке, а не на западе. На самом деле это не так. Осадки приносятся с запада, но выпадают они над гребнем Киргизского хребта и над узким коридором Боамского ущелья, а к западному берегу Иссык Куля воздушные массы приходят иссушенными. Поэтому то по выходе из Боамского ущелья нас встретила настоящая пустыня.

Дальше к востоку воздух проходит над водной гладью озера, с которой испаряется в год слой около семидесяти сантиметров. Эта влага несколько насыщает воздух, но не она определяет вторичное выпадение осадков. Воздушным массам нужно встретить какое то препятствие. Им становится хребет Терскей Алатау. Воздух освобождается от влаги у подножия его исполинской стены, а затем и выше по склону.

Большая часть осадков задерживается на склонах гор Прииссыккулья. Это сказывается прежде всего на высоте границы снегов – на западе она почти на полкилометра выше, чем на востоке, – а также и на богатстве животного и растительного мира: на восточном берегу озера ничто не напоминает безжизненную пустыню окрестностей Рыбачьего.

Кик ни удалено «Киргизское море» от Мирового океана, оно достаточно обширно, чтобы сделать климат окружающей его территории чуточку морским: отепляет зиму и умеряет летнюю жару.

Зимой относительно теплый воздух поднимается над незамерзшей поверхностью озера и опускается на побережье. Зима здесь не холоднее, чем в Ферганской долине, расположенной на двести километров южнее и намного ниже Иссык Куля. Средняя температура января минус четыре градуса, в то время как на несколько километров в сторону на той же высоте – минус четырнадцать. Как на настоящем море, на Иссык Куле самый теплый месяц – август: нагретая за лето вода накапливает тепло, а потом отдает его уже начавшему остывать воздуху.

Иссык Куль создан талыми водами ледников. Но прежде ледники занимали значительно большую площадь, чем сейчас. Тогда климат котловины был иным. Иной была и площадь озера. Она резко увеличилась с тех пор, как ледники последнего оледенения начали таять. Повысился уровень воды, изменились очертания берегов.

Меняется ли климат на берегах Иссык Куля в наше время? По данным метеостанций, это практически неощутимо. Однако некоторые косвенные признаки климатических перемен зафиксированы. Например, из двадцати трех видов птиц, гнездившихся на Иссык Куле полсотни лет назад, девять видов в настоящее время признаны исчезнувшими, а другие заметно сократили свою численность. Климатические перемены птицы, вероятно, почувствовали раньше самых точных приборов.