Серьезному испытанию государственная карьера П. А. Столыпина подверглась весной 1911 года в связи с утверждением законопроекта о введении земских учреждений в западных губерниях. Глава кабинета с особым вниманием относился к этому вопросу, так как с Западным Краем он был тесно связан и месторасположением собственного имения, и деятельностью на различных должностях. Под его руководством был разработан законопроект, представленный законодателям. Он предусматривал введение земства в тех губерниях, где был силен русский элемент: Витебской, Минской, Могилевской, Киевской, Волынской, Подольской.

В то же время премьер считал, что следует временно воздержаться от введения земского самоуправления в тех местностях, где русские составляли меньшинство (Ковенская, Виленская, Гродненская губернии). Так как в Западном Крае значительная часть крупного землевладения была сосредоточена в руках поляков, предлагалось понизить землевладельческий ценз при выборах по сравнению с общерусским; избиратели разделялись на две курии, польскую и русскую, причем русская избирала в два раза больше гласных. Этот проект обсуждался в Государственной Думе в начале 1910 года. Дискуссия носила бурный характер, так как вопрос затрагивал не только административную сферу, но и сферу национальных чувств и предрассудков. В конце концов проект был принят, но в него были внесены некоторые изменения и дополнения, смягчавшие его антипольский характер. В частности, было исключено требование о том, чтобы председатели управ и большинство служащих непременно являлись русскими, но сохранялся принцип национальных курий. Принятая редакция в общем устраивала правительство.

Для введения закона в действие требовалось одобрение его верхней палатой и царем. Прошло почти восемь месяцев, прежде чем «госсоветовские старцы» приступили к обсуждению. Здесь доминировали представители русского барства, и законопроект столкнулся с неожиданными для правительства трудностями, а вся история постепенно стала приобретать характер политического кризиса. Император через председателя Государственного Совета обратился с просьбой поддержать предложения правительства. Некоторые влиятельные члены Совета, выступавшие вообще против национальной польской курии и распространения земства в западных губерниях, восприняли это как недопустимый нажим. Один из видных противников премьера В. Ф. Трепов добился аудиенции у государя и поинтересовался, следует ли рассматривать подобное пожелание как царский приказ. Николай II ответил, что он в таком деле приказывать не может и что здесь следует «голосовать по совести». Эти слова немедленно были истолкованы как недоверие главе правительства. На пленарной сессии правые выступили совместно с левыми членами Государственного Совета и 4 марта 1911 года 92 голосами (против 68) провалили законопроект.

Премьера особенно возмутило, что правительству «вставляют палки в колеса» те, кто громогласно объявлял себя радетелем имперских интересов России и чьи позиции в конечном счете проект защищал. В этой обстановке самообладание Петру Аркадьевичу, очевидно, изменило. Тяжелая повседневная работа на двух ответственнейших государственных постах, упорное противодействие, которое он постоянно ощущал, не могли не сказаться даже на такой сильной натуре. На следующий день после голосования премьер посетил императора и заявил ему о своем решении подать в отставку. Царь был невероятно удивлен этой просьбой и заявил: «Я не могу согласиться на Ваше увольнение, и я надеюсь, что Вы не станете на этом настаивать, отдавая себе отчет, каким образом могу я не только лишиться Вас, но допустить исход под влиянием частичного несогласия Совета» и попросил П.