Особенно усердно он изучал пророчества Даниила и Откровение Иоанна Богослова. Он пытался отыскать вечную истину. Для него между наукой и теологией не существовало разрыва: они являлись частью одной задачи. И теология, и наука в равной мере служили путями Господними, ключами к истинному пониманию Вселенной. Он был философом в древнем смысле этого слова – искателем мудрости. В одном из своих предыдущих трактатов, De Gravitatione, он предположил, что «между способностями Божественными и нашими собственными имеется гораздо более значительное сходство, нежели представлялось философам». Ему хотелось быть ближе к Божественному.

Как и следовало ожидать, Ньютон изучал Ветхий Завет тщательно и скрупулезно. Он сделал больше тридцати переводов-версий Библии. Он выучил древнееврейский, чтобы изучать тексты пророков в оригинале. Он завел особую книжку, куда заносил основные вехи своих изысканий, с заголовками вроде Incarnatio или Deus Pater. Он собрал огромную библиотеку святоотеческой и библейской литературы. В своем жадном стремлении к подлинному знанию он прочел труды всех авторитетных специалистов по данному вопросу, писавших в предшествующие столетия, и освоил основные тексты современной ему теологии, теологии XVII века. Он желал овладеть предметом, как раньше овладел оптикой и математикой. После его смерти осталась незавершенная рукопись по библеистике объемом около 850 страниц, а также множество разрозненных бумаг и заметок.

В особенности Ньютона заинтересовал один ученый диспут IV века: в ходе его разбора он пришел к выводу, что истинная вера (протестантизм, каким он его понимал) с годами претерпела губительные искажения. Горячие споры велись в те древние времена между Арием и Афанасием. Афанасий защищал концепцию, позже ставшую ортодоксальной доктриной о Троице, где Христос рассматривался равным, или «единосущим», Богу. Арий возражал против этой доктрины, отрицая, что Христос – одной сущности с Богом. Взгляды Афанасия были приняты Никейским собором 325 года и стали частью Никейского Символа веры.

Однако в ходе методичного изучения библейских текстов Ньютон пришел к выводу, что Афанасий совершил подлог, умышленно вставив в текст Священного Писания важнейшие слова, подтверждавшие его возражения против теории, согласно которой Христос является Богом. В этом деянии его поддержала римская церковь, и это искажение священных текстов стало причиной искажения собственно христианского вероучения. Чистоту и веру, свойственные раннехристианской церкви, разрушили рьяные фанатики, стремившиеся преклоняться перед иллюзией Троицы, или Триединого Бога. Математические и духовные взгляды Ньютона шли вразрез с такой позицией. Поддерживая Ария, Ньютон объявил, что священники и епископы церкви в своем поклонении Христу занимаются идолопоклонством. Прочитав слова одного из своих единомышленников-ариан, Ньютон обнаружил: «То, что столь долго именовалось арианством, есть не что иное, как старое, неповрежденное христианство, а Афанасий послужил мощным, коварным и злокозненным орудием этой перемены». В своей записной книжке Ньютон провозглашал, что «Отец – Бог Сына».

Кроме того, Ньютон считал, что подлинная религия берет свое начало от сыновей Ноя и что ее несли дальше Авраам, Исаак и Моисей. Пифагор, приняв эту религию, передал ее своим ученикам. Христос, с его простыми призывами возлюбить Бога и ближнего своего, являл собой пример этой первоначальной веры. Позже в одной из своих рукописей Ньютон замечал, что мы должны преклоняться «пред единственным незримым Богом», признавая «единственного посредника меж Богом и человеком – человека по имени Иисус Христос».