Следует заметить, что в середине XVII века арианство еще считалось опасной ересью. Если бы Ньютон во всеуслышание заявил о своих религиозных убеждениях, его лишили бы всех университетских званий, как происходило с другими, менее осторожными арианами. Поэтому он не обсуждал эти вопросы открыто, ведя теологические беседы лишь с собратьями по вере. В полной мере его религиозная неортодоксальность стала известна лишь после его смерти, и даже тогда распространению сведений о ней мешали те ученые, которые полагали, что отец английской науки должен оставаться выше всяких подозрений такого рода. С виду он оставался убежденным и непоколебимым прихожанином англиканской церкви, отчасти склонным к неким нетрадиционным или радикальным течениям в лоне этой же церкви, но не более того.

Имелись и другие, более любопытные стороны этой тайной веры Ньютона. Он отлично знал слова ангелов, обращенные к Иоанну Богослову: «Встань и измерь храм Божий…»Он воспринял это указание буквально и по сохранившимся древним документам измерил параметры храма Соломона. Ньютон считал, что Соломон, сын Давида и великий царь евреев, являлся «величайшим философом в мире». Он полагал, что Соломон впитал в себя мудрость древних и, строя свой храм, заложил в него некую схему, по которой создана Вселенная. Так, священный огонь в центре храма символизировал огонь Солнца. Это интересная теория, но следует отметить, что развивал он ее не умозрительно, а вычерчивая детальный план сооружения. Вот образ, отражающий и красоту, и страстность Ньютонова мышления: ученый создавал сложнейшие формы в абстрактном мире мысли и воображения. Характерная деталь: в одной из записей Ньютон комментирует язык снов, изложенных в Ветхом Завете. Пожалуй, вполне закономерно, что первооткрыватель силы всемирного тяготения являлся еще и толкователем сновидений.

Кроме того, он пристально исследовал саму природу библейских пророчеств. Он размышлял над словами пророков, анализируя знаки и символы, содержащиеся в высказываниях, которые они изрекали. Он верил, что в этих словах можно отыскать сокрытые истины, касающиеся будущей судьбы мира. Он составил своего рода каталог семидесяти пророков, занеся в него подробности их жизни и детали текстов. Он создал особый словарь событий, которые происходили в мире и которые, как ему казалось, стали воплощением пророчеств. И он написал очерк «Доказательство», где старался подтвердить аутентичность и точность слов пророков. Так, одиннадцатый рог Зверя, по его мнению, символизировал римскую церковь.

Ньютон составил хронологию не только прошлого, но и будущего. Она стала продолжением его работы над пророчествами, и она так же пестрит формулами и всевозможными правилами интерпретации. В 1944 году окончатся «тяготы евреев» (он «ошибся» на один год), а в 2370-м наступит мирное тысячелетие. Может показаться, что всё это необычайно далеко от оптических экспериментов и математических расчетов, которые он проводил в ходе своей публичной деятельности, однако вся его работа показывает сосредоточенность мудреца, напряженно вглядывающегося в мироздание. Даже в своих сокровенных изысканиях он не утрачивал мастерства эмпирика. Так, для своих хронологических выкладок он даже измерял жизненный цикл саранчи. А рассчитав время солнцестояний и равноденствий, смог датировать экспедицию аргонавтов за золотым руном. Ему хотелось прояснить (а значит, и подчинить себе) механизм действия Вселенной.

Таким образом, в теории и на практике его научные и религиозные изыскания (если мы сможем провести между ними грань) оказались связаны между собой. Он писал об апостоле Иоанне: «Я отдаю ему должное – я полагаю, что в его писаниях есть здравый смысл, а значит, я делаю вывод, что смысл этот исходит от Него, ибо он лучше всех прочих».