Реакция Ньютона была вполне предсказуемой. На следующее письмо Гука, в котором тот указывал на его ошибку, он ответил кратко и холодно, после чего перестал отвечать на дальнейшие послания Гука, да и вообще никому не писал в течение года. Позже он изображал Гука человеком, не способным производить математические расчеты, но при этом «ничего не делающим, лишь притворяющимся знатоком и хватающимся за всевозможные предметы». Тридцать лет спустя, когда Гук уже давно умер, Ньютон все еще считал главного своего научного соперника личным врагом. Впрочем, упомянутая ошибка побудила его тщательно проработать вопросы динамики и обратиться к проблемам орбитальной механики, к которым он, по его уверениям, утратил интерес. Судя по всему, он провел ряд вычислений и, к собственному удовлетворению, установил, что эллиптичность орбиты согласуется с уменьшением силы притяжения по мере увеличения расстояния. Собственно говоря, из поражения в споре с Гуком впоследствии вырос ньютоновский труд Principia. Важно и то, что в тот период Ньютон снова заинтересовался принципами классической геометрии.

Его любопытство к космологическим вопросам усилилось благодаря одному странному явлению, которое он в ноябре 1680 года увидел в ночном небе. Объект возник перед самым восходом и затем, направляясь к Солнцу, постепенно исчез из вида. То была комета. В декабре, ранним вечером, появилась еще одна, и двигалась она не к Солнцу, а от него. Более того, у нее имелся светящийся «хвост», который зрительно был вчетверо шире Солнца. Королевский астроном Джон Флемстид писал другу: «Полагаю, едва ли когда-либо наблюдали более крупную».

Ньютон пустился по следу декабрьского феномена. Он начал собирать информацию о его перемещении, с особым интересом наблюдая за «хвостом». Вначале ему приходилось приставлять к глазу вогнутую линзу, чтобы скорректировать свою близорукость, но, когда комета, удаляясь, стала видна менее отчетливо, он переключился на телескоп. Он наблюдал за ней, пока 9 марта она не исчезла. Его настолько заинтересовал этот объект, что он принялся собирать отчеты астрономов со всей Европы и даже новости с берегов реки Патаксент, что в американском штате Мэриленд: там также видели это небесное тело. Один из его коллег по Грешему, эмигрировавший в эти места, писал ему, что комета «имеет форму меча, вздымающегося над горизонтом». Эта охота побудила Ньютона приступить к сооружению отражательного телескопа гораздо более впечатляющих размеров, чем прежний. Он не закончил работу, однако вся эта история с кометой предоставила ему массу нового материала для размышлений.

Большинство наблюдателей считали, что стали свидетелями прохождения двух комет, однако Джон Флемстид твердо верил, что это – два появления одного и того же небесного тела, движущегося вокруг Солнца. Он сообщил свою теорию Ньютону, который поначалу отверг эту идею – а точнее, отверг рассуждения Флемстида о магнитных полюсах Солнца. По всей видимости, в ту пору Ньютон еще не разработал собственную теорию всемирного тяготения, но начал вычерчивать возможные траектории, проверять гипотезу, согласно которой эта комета действительно перемещалась по эллиптической орбите, а не стала каким-то одиночным и случайным вторжением из космического пространства. Он стал размышлять над тем, какие выводы можно сделать из подобных фактов, и его размышления принесли плоды уже в течение ближайших нескольких лет. Тогда же он создал теорию о «цели» комет. В первом издании Principia Mathematica он высказал идею о том, что светящийся «хвост» комет содержит жизненно необходимые вещества для «пополнения» жизни на Земле.