Подобную же страсть папа проявлял и по отношению к строительству и меценатству. Его распоряжение о сносе старой базилики Святого Петра вызвало бурю негодования. Юлий II намеревался поставить на этом месте более величественное здание, достойное Святейшего престола и Рима — будущей столицы мира. Более того, он хотел, чтобы в соборе поместили его гробницу, а построить ее должны были при его жизни по проекту Микеланджело. По словам Вазари, «красотой, величавостью, роскошью и обилием статуй она превосходила любую древнюю и императорскую гробницу». Высота усыпальницы составляла тридцать шесть футов, и украшена она была сорока статуями выше человеческого роста; саркофаг поддерживали два ангела. Скульптор предполагал, что гробница станет шедевром и прославит заказчика. Согласно Вазари, проект гробницы предшествовал проекту новой церкви и так волновал папу, что он предложил план нового собора Святого Петра, который был бы достоин этой усыпальницы. Если мотивом папы, как уверяют его поклонники, было прославление церкви, то в данном случае он хотел прославить первосвященника, то есть самого себя.

Его решение все осуждали, не потому, что люди не хотели новую красивую церковь, а, как сказал один критик, «потому что им жаль было сносить старую церковь, почитаемую всем миром, облагороженную гробницами святых и прославленную столь многими вещами, которые там были сделаны».

Как и всегда, проигнорировав общественное мнение, Юлий II ринулся в бой, одобрив проект Браманте, и приступил к делу с таким рвением, что 2500 нанятых им рабочих одновременно принялись сносить старую базилику. Собранную в одном месте память веков — могилы, картины, мозаику, статуи, — уступая нетерпению понтифика, уничтожили без следа. Это событие принесло Браманте славу il ruinante — «разрушителя». Папу не беспокоило то, что он разделил с ним такую славу. В 1506 году он спустился по лестнице на дно глубокой ямы и заложил там закладной камень «мирового собора» с высеченным на нем собственным именем. Стоимость строительства намного превышала папские доходы и вызвала фатальные последствия — публичную продажу индульгенций. При следующем понтифике распространившаяся в Германии торговля индульгенциями вызвала крушение иллюзий одного рассерженного клирика, что ускорило появление самого спорного документа в истории церкви.

С самой первой созданной в Риме скульптуры «Пьета» — этого реквиема в мраморе — папа распознал в Микеланджело несравненного художника. На это произведение до сих пор никто не может смотреть равнодушно. Микеланджело закончил эту работу в 1499 году по заказу одного французского кардинала. Уезжая из Рима, тот хотел подарить скульптуру собору Святого Петра. «Пьета» прославила двадцатичетырехлетнего Микеланджело, а через пять лет за нею последовал «Давид», которого поставили у собора в родной для художника Флоренции. Первосвященника должен был прославить лучший художник, но темпераменты двух террибили столкнулись. После того как Микеланджело восемь месяцев потратил на то, чтобы вырубить и перевезти из Каррары глыбу лучшего мрамора, предназначавшуюся для гробницы, Юлий II неожиданно отказался от проекта и не только не заплатил, но даже не стал разговаривать со скульптором. Разгневанный Микеланджело вернулся во Флоренцию и поклялся никогда больше не работать на папу. Что произошло в темных глубинах мозга делла Ровере, никто не знает, а гордыня не позволила ему что-то объяснить Микеланджело.