Характер взаимоотношений между Сусловым и Хрущевым постоянно менялся. Эта «подвижность» мало проявлялась внешне. Тем более любопытно проследить этапы скрытого противодействия. Вряд ли многое в деятельности Хрущева нравилось Суслову. Но ситуация требовала оставить идеологические разногласия и избрать иную линию поведения. Дело и в том, что в начале 50-х годов у Суслова сложились весьма напряженные и даже неприязненные отношения с Г. М. Маленковым (начало конфликту положил уже описанный «литовский эпизод»). Поэтому возвышение и укрепление позиций Маленкова, ставшего одной из ведущих политических фигур после смерти Сталина, не сулили ничего хорошего ни Суслову, ни людям, на которых он опирался и которым покровительствовал. Положение усугублялось выводом в 1953 году М. А. Суслова из состава Президиума ЦК. Поэтому неудивительно, что в той острой борьбе, которая вскоре развернулась между Хрущевым и так называемой «антипартийной группой», Суслов прочно выбрал сторону Хрущева. Последний же в условиях обострившегося конфликта весьма и весьма нуждался в сторонниках и поддержке. Итак, вначале союз состоялся.

Существенные разногласия внутри руководства выявились и обострились уже в 1954 году. Позднее, на январском (1955 год) пленуме ЦК КПСС, по информации Хрущева было указано на моральную ответственность Маленкова за известное сфабрикованное «ленинградское дело». Маленков, защищаясь, сослался на то, что не смог разобраться в его изначальной провокационной сущности. Но главной причиной последовавшего тогда освобождения Маленкова от поста Председателя Совета министров СССР и от председательствования в Президиуме ЦК КПСС стала резкая критика деятельности и позиции Маленкова как главы советского правительства. Это решение поддержал секретарь ЦК М. А. Суслов, впрочем, так же как Каганович и Молотов.

На июльском (1955 год) пленуме ЦК КПСС настала «очередь» В. М. Молотова. Здесь нелицеприятному разбору подверглась его ортодоксальная позиция в вопросе урегулирования отношений с Югославией и СКЮ. После речи А. И. Микояна, заявившего о том, что «Молотов живет только прошлым и вдохновляется злобой, которая накопилась у него за время этой советско-югославской драки», слово взял М. А. Суслов. Он подчеркнул: «Молотов неправильно, не по-ленински противопоставил пролетарский интернационализм политике равноправия народов и сделал отсюда неправильные и вредные для нашей политики выводы». На пленуме были рассмотрены и организационные вопросы: в состав Президиума включили новых членов (сторонников Хрущева) — Суслова и Кириченко.

Как известно, внутрипартийная борьба достигла драматической кульминации на бурно проходившем заседании Президиума ЦК КПСС в июне 1957 года. Речь тогда шла о судьбе страны — дальнейшем развитии начатых реформ или «откате» назад, в сталинское прошлое. Молотов и Маленков неожиданно поставили вопрос о снятии Хрущева. Никита Сергеевич, однако, решительно отверг все обвинения, ссылаясь на достигнутые в последнее время экономические успехи и существенные сдвиги во внешней политике. В острых прениях в поддержку Хрущева выступили три члена Президиума: Микоян, Суслов и Кириченко. Семеро остальных (Молотов, Маленков, Ворошилов, Каганович, Булганин, Первухин и Сабуров) добивались его отставки. В итоге Президиум вынес решение сместить Хрущева с поста первого секретаря ЦК КПСС, но он, поддержанный сторонниками, отказался подчиниться решению и потребовал созвать пленум ЦК.

Решающий для Хрущева июньский пленум начался с доклада Суслова, изложившего суть возникших разногласий, не скрывая при этом собственной поддержки Хрущева. Затем выступили Молотов, Маленков, Каганович, Булганин. Они повторили свои обвинения Хрущеву, пытались обосновать отстаиваемые позиции и упорно защищались. Поражение особенно страшило этих людей, боявшихся не только за свою карьеру в партии, но по привычке, укоренившейся в годы репрессий, и за собственную жизнь.