С новгородским делом были связаны репрессии, обрушившиеся на родичей матери царевича Ивана Ивановича — Захарьиных. Так, боярин С.В. Яковля прямо упомянут в сыскном новгородском деле. В июне 1571 г. насильственно был пострижен в монахи боярин И.В. Шереметев Большой. Возможно, покойного В.М. Юрьева обвинили тогда в каких-то изменнических сношениях. Репрессии против родичей матери Ивана Ивановича могли быть связаны с недовольством царя Ивана своим наследником. «Между отцом и старшим сыном возникло величайшее разногласие и разрыв», — писал в январе 1571 г. папский нунций Портико.

Третий опричный участник летнего похода 1571 г., боярин Василий Петрович Яковлев (гофмейстер царевича Ивана), был забит насмерть батогами вместе со своими земскими родичами боярами Иваном Петровичем и Семеном Васильевичем. И.П. Яковлев вызвал царский гнев еще в начале 1571 г. неудачной осадой Ревеля (снятой 16 марта). В Москву пришли сведения о грабежах, убийствах и пожарах, совершавшихся земскими и опричными войсками, во главе которых стояли И.П. Яковлев и В.И. Умный-Колычев. «Когда царь узнал о таких воровских проделках воевод и опричников, то он приказал «увезти… обоих воевод в оковах [и] удалил всех опричников».

С.В. Яковлев привлекался к ответственности еще по новгородскому делу. Летом же 1571 г. повесили опричного думного дворянина Петра Васильевича Зайцева. Зайцев ходил против «крымского царя» в сентябре 1570 г., когда царя сопровождали казненные летом 1571 г. М.Т. Черкасский, В.И. Темкин, В.П. Яковлев, Л.А. Салтыков и попавший в опалу В.А. Сицкий. Л.А. Салтыков был сначала пострижен в монахи, а позднее убит. Вместе со Львом Андреевичем опала постигла и его родича кравчего Федора Игнатьевича, который был заключен в тюрьму, а позднее, судя по синодикам, убит. Царский лекарь Елисей Бомелий по приказанию царя отравил опричного дворецкого Ивана Федоровича Гвоздева-Ростовского, спальника Григория Борисовича Грязного и до ста других менее видных опричников. Среди погибших в эти годы были Андрей Овцын, Булат Арцыбашев, И.Ф. Воронцов и др.

Опричнина была обезглавлена. «Новые люди», ставшие во главе государева двора, состояли из окружения старицкого князя (Н.Р. Одоевский, Пронские), и, конечно, не были заинтересованы в дальнейшем сохранении опричных порядков. На одних царских фаворитах (типа Малюты Скуратова) и казанских князьках (вроде Саин-Булата-Семиона) строить опричный аппарат было невозможно. Отмена опричнины становилась делом ближайшего времени. Земские воеводы, виновники сожжения Москвы в 1571 г., фактически не пострадали, хотя Грозный позднее с горечью говорил польскому посланнику: «Мои [подданные] подвели меня под крымского, под татар. Тех было сорок тысяч, а у меня только шесть… И я о том не ведал: шестеро воевод, что шли передо мной с сильными отрядами, не дали мне знать. Правда, они не могли выиграть дело против такого многочисленного врага, но я поблагодарил бы их, если бы, погубив несколько тысяч своих, они принесли мне хоть татарский бич… И уже Москва была сожжена, а меня не уведомили о том. Пойми же, какова тут была измена мне от людей моих!».

Летом 1571 г. составлялись весьма странные поручные записи по И.Ф. Мстиславском. Князь в своей крестоцеловальной грамоте торжественно объявлял, что он «государю… и всей Русской земле изменил, навел есми с моими товарыщи безбожного крымского Девлет-Кирея царя». И обещался впредь «на все православное крестьянство варвар не наводити». Из этой формулировки ясно, что Мстиславскому предъявлялись обвинения в измене.