С канцелярией Ивана Грозного связывал интерполяции Царственной книги еще С.Б. Веселовский, считая, что «они сделаны лет 18–20 спустя после болезни царя 1553 г. при непосредственном близком участии самого царя и с определенной тенденцией — оправдать царя в казни старицких князей в 1569 г.». Существенные коррективы в построения Веселовского внес Д.Н. Альшиц, доказавший, что приписки к Царственной книге появились не позднее 1570 г., т. е. до казни И.М. Висковатого, предстающего в этих текстах перед читателем в качестве верного сподвижника царя. Но вот когда автор пытается уточнить датировку, то тут и возникают сомнения. Д.Н. Альшиц ссылается на сведение описи Царского архива, согласно которому царь в августе 1568 г. взял в Слободу «летописец и тетрати». По мнению Алыиица, в 1568 г. речь может идти только о просмотре текста за 7068–7076 гг. Более ранний текст редактировался, вероятно, ранее, т. е. Царственная книга составлена была до 1568 г. Выше мы показали, что Альшиц неудачно интерпретирует запись составителя описи Царского архива. В 1568 г. составлялся, вероятно, Синодальный список. Работа над приписками к Царственной книге проходила позднее. Исправления в текст Синодального списка внесены между октябрем 1569 г. и июлем 1570 г., т. е. уже после казни Владимира Старицкого и до расправы с Иваном Висковатым и другими лицами, изображенными в приписках сторонниками царя. К тому же в 1569 г. был казнен И.И. Пронский, представленный в приписках сторонником Владимира Старицкого.

Д.Н. Альшиц обратил внимание на текстуальную и идеологическую близость приписок к лицевым летописям и первого послания Ивана Грозного к Курбскому. Это чрезвычайно важное обстоятельство позволяет выяснить непосредственное воздействие Ивана IV на создание официального летописания.

До нас дошло сравнительно мало летописных памятников, отразивших взгляды политических противников централизаторской политики Ивана IV. Это в основном летописи новгородского или псковского происхождения. В 1567 г. игумен Псковско-Печерского монастыря Корнилий дополнил и обработал свод 1547 г. Составитель нового свода выступает как лицо, враждебно относящееся к московской власти. В духе обличения писал он о деятельности Ивана Грозного, а присоединение Пскова к Москве рассматривал как акт прямого насилия. Как известно, Корнилий принадлежал к числу монахов нестяжательского толка, был близок к Андрею Курбскому и в 1570 г. казнен Иваном Грозным.

Новгородское летописание к концу XVI в. мельчает и как исторический источник теряет свое значение. К 80-м годам XVI в. относятся последние записи в так называемой Новгородской второй летописи. Наибольший интерес представляет рассказ о походе Ивана IV 1570 г., в котором обстоятельно описан разгром Новгорода. Составлен летописец, очевидно, в канцелярии новгородского архиепископа. Сухой перечень сведений, относящихся к деятельности новгородских епископов и архиепископов, содержит Краткий летописец новгородских владык, составленный, очевидно, в конце XV в. и пополнявшийся на протяжении XVI в. Материалы о церковной истории Новгорода XV–XVII вв. находятся в так называемом «Летописце новгородском вкратце, церквам божиим…». В его же составе дошел ряд повестей (в том числе Повесть о приходе Ивана IV в Новгород в 1570 г.).

О бурных событиях этих лет сохранились отдельные краткие записи, сделанные, вероятно, в Кириллове монастыре. Волоколамский летописчик Игнатий Зайцев сообщает о московском пожаре 1571 г. и о «море» 1568–1571 гг. Велись краткие летописные заметки и в Соловецком монастыре, в них внесены сведения о смерти Владимира Старицкого, судьбе его семейства, Ливонской войне и т. п. Отдельные отголоски опричнины слышатся в лаконичных сведениях местных летописей — вологодских, великоустюжской и др.