Старицкие князья как единственная реальная сила, могущая противостоять московскому самодержавию, являлись естественными союзниками новгородских помещиков, а также купцов, выражавших недовольство сокращением своих «прибытков» после ликвидации самостоятельности Господина Великого Новгорода. Выступления этих новгородцев в 1537 г. в поддержку князя Андрея, а в 1539 г. Шуйских были не случайными эпизодами, а серьезным напоминанием московскому правительству, которое впоследствии не забыл Иван Грозный. Если старицкий князь выступал наиболее серьезным кандидатом в преемники Ивана IV, то Новгород являлся самым крупным экономическим соперником Москвы. Еще в 1549 г. Иван IV ликвидировал новгородские рядные грамоты, т. е. привилегии торгово-ремесленного населения Новгорода. Однако новгородские помещики сохраняли свою корпоративную обособленность от служилых людей основных русских территорий. В своей массе они происходили из числа боярских послужильцев, испомещенных в землях Великого Новгорода Иваном III. Даже в середине XVI в. они продолжали считаться «помещиками» в отличие от московских, владимирских, переяславских и других детей боярских, владевших своими землями на вотчинном праве. Первая и вторая статьи новгородских помещиков приравнивались соответственно ко второй и третьей статьям детей боярских. В состав государева двора, судя по Дворовой тетради 1551–1560 гг., они не входили вовсе. Служилая и поземельная неполноправность должна была являться источником постоянного недовольства новгородского дворянства в XVI в.

Да и в своем управлении Новгород сохранял отдельные черты былой самостоятельности. Их хорошо показал в своей последней книге М.Н. Тихомиров. Новгородские наместники вели полусамостоятельные сношения с Ливонией и Швецией. Большую роль в управлении играл новгородский владыка. Сохранялись еще пятикончанские старосты и другие старые органы новгородской администрации. В Новгороде существовал собственный монетный двор, а выпускавшаяся им «новгородка» была наряду с «московкой» основной денежной единицей Русского государства. События начала XVII в., когда Новгород на время перешел под власть шведов, показали правильность настороженного отношения московского правительства к новгородским вольностям.

Интенсивный рост торгово-денежных связей в стране, приводивший к складыванию предпосылок всероссийского рынка, наталкивался на бесконечное множество феодальных перегородок, являвшихся прямым следствием неизжитости экономической и политической раздробленности. Русские горожане уже в восстаниях середины XVI в. заявили о своих требованиях, с которыми вынуждено было считаться правительство Адашева и Сильвестра. Дело шло в дальнейшем о создании более благоприятных условий для развития городов и торговли. Да и сами гости и другие торговые люди начинают принимать деятельное участие в государственном аппарате, входя в состав дьячества как наиболее осведомленные эксперты по финансовым вопросам. Им поручались ответственные миссии по торговым связям со странами Запада и Востока. Сидя в финансово-административных приказах и беря на откуп сбор податей в отдельных русских землях, они изыскивали способы для пополнения государевой казны. Однако это было лишь только началом — в Боярской думе и Земском соборе почти не слышался голос даже наиболее именитых представителей третьего сословия, которых попросту третировала московская аристократия.

Накануне введения опричнины на положении народных масс начинало уже сказываться перенапряжение сил, вызванное дорогостоящими войнами и перестройкой государственного аппарата.