Соборные представители, подавшие царю челобитную о ликвидации опричнины, рассчитывали, вероятно, что, дав согласие на продолжение Ливонской войны, они добьются удовлетворения своих требований. Результат оказался обратный. Выступление служилых людей — этой, казалось бы, верной опоры царя — против опричнины заставило Ивана IV серьезно заняться укреплением государева удела.

В августе 1566 г. Иван Грозный проводил какую-то не вполне еще ясную работу по пересмотру своего архива. В описи Царского архива сохранились пометы о том, что он затребовал к себе (между 4 и 14 августа) около 30 ящиков и ларцев с документальными материалами. В описи есть пометы начиная с 1562 по 1574/75 г., но подавляющее большинство их относится к августу 1566 г.

Обращает на себя внимание отсутствие разрядов за вторую половину 1566 и первые три месяца 1567 г. Осенних назначений на «годованье» воевод и наместников не было. Не исключено, что правительство, напуганное выступлениями участников Земского собора из среды дворовых детей боярских, решило повременить с военно-административными назначениями до произведения тщательной проверки причастности к этому выступлению лиц из состава государева двора, откуда черпались кандидаты на высшие военные должности.

К сожалению, у нас нет более или менее точных данных, в какой мере суровые репрессии опричных лет коснулись участников Земского собора. Сведения синодиков Ивана Грозного, иностранцев и Курбского, обработанные С.Б. Веселовским, неполны и касаются только наиболее именитых представителей дворянских фамилий. Но все же некоторые выводы сделать можно. Из 17 бояр и трех окольничих, присутствовавших на соборе 1566 г., в разные годы казнено девять, один пострижен в монахи (И.В. Шереметев Большой), т. е. репрессиям подверглись примерно 50 % лиц. После собора привели к дознанию бывшего боярина, инока Пимена Щенятева, который не выдержал пыток и умер 5 августа 1566 г. Казнены оба казначея (H.A. Фуников и Х.Ю. Тютин) и печатник И.М. Висковатый. Печатник («у бояр в суде») Б.И.Сукин репрессий избег.

В годы опричнины несколько раз обновлялся дьяческий аппарат, несший непосредственную ответственность за все сдвиги правительственной политики. Поэтому в синодиках мы находим трех из шести думных дьяков и 11 из 33 дьяков и приказных людей. Процент получается, безусловно, очень большой. Зато почти никого из гостей и торговых людей в синодиках нет. Это, конечно, объясняется не только спецификой памятника, куда вносились лишь наиболее именитые лица, но и тем, что верхи торгово-ремесленного населения пользовались покровительством Ивана IV.

С разгромом Новгорода, возможно, связана казнь Андрея Тараканова (родственника Г.Ф. Тараканова). В годы опричнины погиб и гость П. Цвилинев. В 1554 г. он был писцом Балахны. В Царском архиве хранился «список правежной» на Прокофия Цвилинева. Возможно, в меньшей степени пострадали дворянские представители Земского собора. Определенно известно о казнях только 29 человек из 204. Трое из них казнены, бесспорно, в связи с выступлением 1566 г., 9 — не ранее 1567 г., когда они еще исполняли разрядные и иные должности. Служебная карьера 16 опальных обрывается Земским собором 1566 г. Их участие в выступлении В.Ф. Рыбина-Пронского, И.М. Карамышева и К.С. Бундова весьма вероятно.

Земский собор 1566 г. был важным этапом в истории сословно-представительных учреждений на Руси. В их практику он внес целый ряд новых моментов. На соборе 1566 г. подавляющее большинство принадлежало представителям господствующего класса феодалов.