Уже в годы реформ Избранной рады был нанесен сильный удар по экономическим основам могущества церкви — иммунитетным привилегиям, а также несколько сокращены источники дальнейшего расширения монастырского землевладения. Однако рост классовой борьбы в стране и реформационного движения заставил правительство на время воздержаться от дальнейшего наступления на привилегии церкви, которая оказывала самую энергичную поддержку правительству тем, что искореняла вольнодумие и проповедовала идею послушания властям. Опыт Стоглава также показал, что путь подчинения церкви через проведение секуляризационных мероприятий, предложенный Сильвестром, встречает самое решительное противоборство верхов церковной иерархии, в первую очередь освященного собора. Епископы, выходившие, как правило, из среды игуменов и архимандритов, не были склонны допустить ликвидацию материальных основ идеологического и политического престижа церкви. Епископат обладал не только крупными земельными владениями. В его распоряжении был значительный штат военных слуг — бояр и детей боярских. Дети боярские рязанского владыки в 1567 г. владели многими селами и деревнями. Были свои бояре у новгородского архиепископа, у вологодского и тверского епископов. Еще в 1591/92 г. в списки служилых людей были включены многие десятки детей боярских крупнейших церковных иерархов Русского государства. Особенно значительная группа светских вассалов находилась при дворе московских митрополитов. Возглавлялись они своеобразной митрополичьей боярской думой, ведавшей хозяйством митрополии. Особые наместники, волостели, тиуны, доводчики составляли аппарат главы русской церкви, который по своему могуществу не уступал крупнейшим удельным князьям. Целый ряд ограничений монастырского землевладения, осуществленных в середине XVI в., не коснулся привилегий крупных духовных феодалов, а их судебно-административные прерогативы даже укрепились после решений Стоглава. Таким образом, для того чтобы правительство могло рассчитывать на осуществление своих планов ликвидации экономической и административной обособленности духовных феодалов, нужно было прежде всего сломить сопротивление руководителей русской церкви. Сам царь Иван уже в 1564 г. отчетливо сознавал, что церковники должны быть отстранены от управления страной. «Нигде же бо обрящеши, — писал он Курбскому, — еже не разоритися царству, еже от попов владому». Таковы были реальные предпосылки столкновения Ивана Грозного с митрополитом Филиппом Колычевым.

Митрополит Филипп происходил из младшей ветви старо-московского боярского рода Колычевых, начальные страницы истории которого тесно связаны с борьбою московских князей за объединение Руси. Колычевы, как и Романовы, вели свое происхождение от некоего Андрея Кобылы. Уже Федор Колыч (внук Кобылы), живший во второй половине XIV в., был крупным землевладельцем. В бурные годы правления Ивана IV острая борьба за централизацию государства привела к серьезным изменениям в судьбах многочисленных потомков Федора Колыча. Некоторые из Колычевых сделались вассалами старицкого князя Андрея Ивановича. У этого князя, судя по родословцам, служил Петр Андреевич Лошаков-Колычев. Как сложился его жизненный путь после заточения старицкого князя, мы не знаем. Но многозначительное замечание родословцев о его бездетности говорит, как кажется, в пользу того, что он почувствовал на себе тяжелую руку великого князя и провел остаток жизни в опале. «Поимание» в 1537 г. Андрея Ивановича Старицкого сопровождалось многочисленными и суровыми мерами против его сторонников.