Итак, каких-либо специальных гонений на Колычевых в годы опричнины не было. Некоторые из их обширной семьи входили в гвардию телохранителей Ивана IV (после марта 1573 г. таковых было по меньшей мере девять человек). Значительное число Колычевых несло обычную службу с новгородских и московских поместий. Неизвестно, пострадал ли кто-либо из старшей ветви Хлызневых, т. е. из детей и внуков Никиты Борисовича. Из остальных же ветвей колычевского рода гибли, как правило, отдельные представители в связи с совершенно различными обстоятельствами. Дело митрополита Филиппа было только одним из них.

Будущий русский митрополит Филипп, до пострижения Федор Степанович Колычев, родился 11 февраля 1507 г.

Основной источник для изучения жизни и деятельности Филиппа — Федора Колычева — его житие, к сожалению, все еще остается неизданным, хотя представляет собой очень интересный исторический документ. Автор этого памятника жил в конце XVI в. Он происходил из среды соловецких монахов, был очевидцем перенесения «мощей» митрополита Филиппа в Соловецкий монастырь (1591). Да и писал житие он, вероятно, в 90-х годах XVI в. В основу изложения им были положены рассказы современников, по-видимому, главным образом соловецких монахов. Клерикальная тенденциозность повествования чувствуется в каждой строке жития, но впечатления людей, перед глазами которых произошло драматическое столкновение царя и митрополита, переданы обстоятельно и живо.

Второй источник, к которому мы будем обращаться в дальнейшем не раз, — Соловецкий летописец — по составу еще более сложен. До нас он дошел в двух редакциях, но обе они относятся к XVIII в., т. е. к очень позднему времени. Не все сведения летописца могут быть признаны достоверными, многие из них позднейшего происхождения и заимствованы, вероятно, из актового материала (упоминания о льготах, выданных Иваном IV), из данных Соловецкой казны (сведения о вкладах) и т. п. Но точность отдельных датировок и известий, поддающихся проверке по другим источникам, заставляет нас внимательно подойти к тексту этого летописного памятника.

Отец Федора Колычева Степан Иванович около 1495 г. владел поместьем в Деревской пятине. Судя по его прозвищу — Стенстур, встречающемуся в родословных книгах, Степан Иванович принимал участие в русско-шведских сношениях, которые в XVI в. велись новгородскими наместниками. Экзотические прозвища были распространены на Руси в придворных сферах конца XV в. Так, например, великокняжий дьяк Михаил Григорьев Мунехин, побывавший в Египте, именовался «Мисюрем». В конце XV — начале XVI в. в Швеции было два Стен Стура: старший правил Швецией в 1470–1497 и 1501–1503 гг., а Стен Стур младший был регентом в 1512–1520 гг. Поскольку первый из них был активным врагом России, то свое прозвище Степан Колычев получил скорее всего потому, что имел какое-то отношение ко второму регенту. Возможно, что это было связано с заключением в мае 1513 г. в Новгороде договора со Швецией. Более сомнительно известие о том, что С.И. Колычева приставили дядькой к слабоумному брату Ивана IV Юрию Васильевичу.