В общем перед нами один из тех служилых людей, которые составляли опору московской политики в первой половине XVI в. Именно поэтому к нему, очевидно, и благоволил Василий III.

Федор Колычев получил образование, вполне достаточное для молодого представителя видной служилой фамилии: он «вразумляется» и «книжному учению» и «воинской храбрости». Некоторое время он находился с другими дворянскими юношами при великокняжеском дворе, однако в 1537 г. неожиданно покидает Москву. Исследователи уже давно связывали его бегство из столицы с «поиманием» старицкого князя Андрея (весна 1537 г.), когда пострадал дядя Федора Колычева Иван Иванович Умный и были казнены несколько его новгородских родичей. Некоторое время Федор скрывался в селении Киже на Онежском озере, где он работал пастухом у крестьянина Суботы. Наконец около 1538–1539 гг. он попал в Соловецкий монастырь и постригся в монахи под именем Филиппа. Прошло примерно 10 лет, и престарелый игумен Алексей передал свою паству Филиппу, который отныне стал во главе монашеской братии Соловецкого монастыря.

Игумен Филипп начал свою кипучую деятельность в трудное для Соловецкого монастыря время. Опустошительный пожар весной 1538 г. истребил все монастырские строения («монастырь згорел весь до основания»), и в марте 1539 г. правительство малолетнего Ивана IV пожаловало соловецким старцам 13 луков «землицы» в Выгозерской волости, чтобы те могли поправить свои сильно пошатнувшиеся дела. Выдача жалованной грамоты 1539 г. находилась в общей связи с иммунитетной политикой князей Шуйских, находившихся тогда у власти. Путем дарования льгот северным духовным корпорациям Шуйские стремились заручиться поддержкой новгородских феодалов.

Прошло немного времени, и в феврале 1541 г. Соловецкому монастырю, благосостояние которого во многом зависело от соляных промыслов, выдается льготная грамота, разрешавшая ему беспошлинную продажу 6 тысяч пудов соли. Соловецкая грамота 1541 г. резко отличалась от других подобных актов, выданных правительством нового временщика И.Ф. Бельского, которые, как правило, характеризовались сдержанностью в предоставлении податных привилегий. Объяснение этому С.М. Каштанов ищет в попытках правительства И.Ф. Бельского распространить свое влияние на один из крупнейших северных монастырей, склонных поддерживать князей Шуйских.

Но наибольших податных льгот удалось добиться новому игумену — Филиппу, и это несмотря на то, что правительство Адашева в середине XVI в. проводило серьезные мероприятия по ограничению монастырских привилегий. Уже в октябре 1547 г. освобождается от уплаты податей двор Соловецкого монастыря, находившийся в Новгороде на Щитной улице. В ноябре того же года по челобитью игумена Филиппа, из-за того, что в монастыре «братии прибыло много и прокормитца им нечем», Иван IV увеличил монастырю беспошлинную торговлю солью на 4 тысячи пудов, доведя ее до 10 тысяч пудов. 17 мая во время общего пересмотра иммунитетных актов и ликвидации тарханных привилегий грамота Соловецкому монастырю была подтверждена без каких-либо ограничений.

В июне 1550 г. в связи с началом строительства каменной церкви в монастыре Филиппу удалось получить у Ивана IV две деревни в Выгозерской волости (девять обеж) с восемью варницами и островок на реке Суме с тремя непашенными дворами. Правда, обежную дань, ямские деньги и примет крестьяне этих деревень должны были платить в государеву казну, но варничный оброк (32 гривны «в ноугороцкое число»), «наместнич» и «волостелин корм» шли уже теперь в пользу монастыря. На следующий год (в июне 1551 г.) соловецкие старцы получили уже запустевшую Троицкую церковь в Выгозерской волости (где когда-то умер один из основателей Соловецкого монастыря, Савватий) и деревню при устье реки Сороки (один из рукавов реки Выга) у моря (одна обжа) с несудимыми привилегиями.