Развивая хозяйственную деятельность Соловецкого монастыря, игумен Филипп принимает срочные меры по регламентированию поборов с крестьян в пользу монастырских служебников. 15 августа 1548 г. он «жалует» «Виремские волости и Шиженские, и сухонаволочан, и сумлян и слободку монастырских крестьян» особой уставной грамотой. Возможно, нормы этой грамоты распространялись в той или иной форме на всю монастырскую вотчину. Крестьяне Виремской волости должны были давать с лука «поминки» монастырскому приказчику — по четыре деньги, доводчику — по две деньги, а келарю — одну деньгу. Бобыли и казаки платили соответственно в два раза меньше. Все натуральные поборы переводились на деньги, и их размер строго ограничивался. В той же градации устанавливались и судебные пошлины, приказчику с рубля по десяти денег, а доводчику хоженого на версту — по полуденьге. Запрещалось доводчикам брать с крестьян всякие посулы и поминки.

Большое внимание в грамоте уделялось казакам, наемным людям, которых было много на соляных варницах монастыря. Когда «казак незнаемой» приходил в Соловецкую волость, он должен был платить явку приказчику (две московки) и доводчику (одну московку) и соответствующую пошлину при уходе. Торжественно провозглашалось, что если приказчик или доводчик «изобидят» в чем-либо крестьянина или казака, то на них вдвое доправлялась пошлина.

Уставная грамота отражала стремление соборных старцев Соловецкого монастыря как-то выйти из того состояния экономического упадка, в котором находилась их вотчина. Таксация поборов (по типу доходных списков и кормленых грамот наместников) должна была предотвратить возможность крестьянских движений, волной прокатившихся по Руси в середине XVI в. Севернорусские земли не представляли в этом отношении исключения. Формула о безурочной поимке лихих людей, распространенная в жалованных грамотах, выданных новгородским монастырям в 1547–1548 гг., свидетельствовала также об активизации антифеодального движения в Новгородской земле.

Основной формой эксплуатации крестьян в соловецкой вотчине была денежная рента. В условиях развития солеваренного промысла и широко поставленной торговли это означало сравнительно высокую степень развития социально-экономических отношений. Кроме того, Филипп широко использовал вольнонаемный труд казаков в солеваренном производстве, в транспортировке соли и других товаров на продажу.

В 1552 г. Филипп приступил к строительству больших каменных зданий, не прекращавшемуся до конца его пребывания на посту соловецкого игумена: в этом году по его распоряжению закладывается Успенская церковь с трапезной для монахов, келарней и с приделом Усекновения главы Иоанна Предтечи (патрона Ивана IV). Под келарней располагались хлебопекарня и мукосейня, а под трапезной — хлебный и квасный погреба. В августе 1557 г. закончили строительство комплекса сооружений Успенской церкви. Размеры собора превышали 82 кв. сажени.

Этим при Филиппе Колычеве было положено лишь начало каменному строительству в Соловецком монастыре. В мае 1552 г. закладывается главный соловецкий храм — Преображенский собор (начат в 1548 г.), оконченный уже в бытность Филиппа митрополитом — в августе 1566 г. Сооружали и другие не столь пышные, но также важные здания: избы и чуланы для монахов и служебников. В кельях появились заморские новшества — узорные стекла «с круги и каймами». Монастырский двор в Новгороде капитально отремонтировали («палаты поделывали, своды сводили»), а в Суме построили заново. Для того чтобы обеспечить строительство известью, снаряжались экспедиции на Двину (в 1553 г. в одну из подобных экспедиций было отправлено 15 людей), где на Орлецах (в 30 км выше Холмогор) монастырь получил разрешение «камень белый известный ломати и лес на дрова сечи и известь жечь».