В июне 1555 г. монастырю пришлось на время поступиться своими основными тарханными привилегиями. На «монастырский обиход» они могли покупать и впредь беспошлинно «хлеб и всякий запас», но за продажу соли они уже должны были платить тамгу и другие пошлины, «как и с торговых людей». Серьезный ущерб был в известной мере компенсирован тем, что царь пожаловал монастырю 26 деревень Сумской волости, когда-то принадлежавшие Марфе Борецкой (77 ¹/₂ обеж), и 33 сумские варницы (ранее платили восемь с половиной рублей оброку). В феврале 1556 г. соловецким старцам удалось исхлопотать грамоту на село Пузырево Бежецкого Верха: отныне в эту вотчину мог въехать для суда лишь один данный пристав, да и то только в два срока (на Рождество и Петров день). В том же году монастырь снова начал получать тарханные привилегии: был сложен оброк с девяти виремских варниц.

Не менее щедрыми были вклады царя деньгами и ценными вещами. Лучшие псковские «колокольные литцы» изготовили для Соловецкого монастыря медные колокола на денежные пожалования царя и вельмож. В сентябре 1547 г. для храма Преображения изготовлен колокол псковичем Тимофеем Андреевым. В1557 и в 1558/59 гг. Матвей и Кузьма Михайловы, дети знаменитого псковского мастера Михаила Андреева, отлили еще два колокола. Один колокол весил 180 пудов и стоил 870 рублей, второй — 95 пудов (300 рублей), да и малые колокола стоили 50 рублей. В 1557 г. царь дал на строение Преображенского собора тысячу рублей, а на следующий год — золотой крест с «мощами».

Новоприобретенные соляные варницы и земли, льготы и денежные вклады были только частью средств подъема экономики Соловецкого монастыря. Не меньшее значение придавал Филипп перестройке самого хозяйства, введению целого ряда технических новшеств. Так, при посеве теперь стала употребляться особая сеялка с десятью решетами, причем работал на ней всего один старец. Мало того, «доспели решето, само сеет и насыпает и отруби и муку розводит розно да и крупу само же сеет и насыпает и разводит розно крупу и высейки».

Если ранее в Соловецкой вотчине рожь сами монахи и служебники носили веять, то Филипп «нарядил ветр мехами в мельнице веяти рож». Вообще Филипп уделял большое внимание мельничному делу («мельницы делал да ручьи копал к мельницам, воду проводил к монастырю»). Сложное приспособление изготовлено было и для варки квасов. Раньше на варке занята была «вся братия и слуги многие из швални», теперь с этой работой справлялись один старец и пять слуг. Квас выпаривали, и он «сам сольется изо всех щанов да вверх подоймут, ино трубою пойдет в монастырь да и в погреб сам льется да и по бочкам разойдется сам во всем».

Наряду с применением технических усовершенствований использовалась в хозяйстве и рабочая сила скота. Раньше копали глину на кирпич вручную, а при Филиппе, когда строительная работа приобрела невиданный дотоле размах, — «волом орут одним, что многие люди копали и глину мяли на кирпичи людьми, а ныне мнут глину на кирпич коньми».

Соляной промысел, железоделательное и кирпичное производства находились также в поле зрения хозяйственного и инициативного игумена. Он завел варницу в Солокурье, на Луде, а также в Колемже (по два црена). Сооружена была сложная водная система (объединяющая многочисленные озера), необходимая для развития мельничного дела. На проведение протока из Пертозера в озеро Святое Филипп истратил из своих личных денег 40 рублей. К 1566 г. уже действовали на острове три водяные мельницы.

Развивая хозяйственную деятельность Соловецкого монастыря, игумен Филипп принимает срочные меры по регламентированию поборов с крестьян в пользу монастырских служебников.