С введением в Прокуратуре Союза ССР классных чинов Г. Н. Сафонову был присвоен чин государственного советника юстиции 1-го класса. В марте 1945 года Григория Николаевича наградили орденом Ленина. В феврале 1947 года избрали депутатом Верховного Совета РСФСР.

4 февраля 1948 года Григорий Николаевич Сафонов был назначен Генеральным прокурором Союза ССР. Было ему тогда немногим более 43 лет.

Наиболее значительным мероприятием в первый год руководства Г. Н. Сафоновым прокурорской системой стало состоявшееся в апреле 1948 года Всесоюзное совещание руководящих работников прокуратуры. Генеральный прокурор Союза ССР, отметив успехи, достигнутые органами прокуратуры за последние годы, подверг резкой критике имеющиеся недостатки в работе, особенно заметные в подборе и расстановке кадров, в поддержании государственного обвинения в суде и т. п.

В октябре 1948 года было проведено еще одно крупное мероприятие — Всесоюзная учебно-методическая конференция лучших следственных работников страны. Итоги конференции были подведены в приказе Генерального прокурора СССР от 23 октября 1948 г. В нем отмечалось, что многие «прокуроры и следователи добились значительных успехов в борьбе с преступностью и в организации следственной работы». Среди лучших была названа прокуратура Сталинской области, которую возглавлял И. Д. Ардерихин, а также прокуратуры Казахской ССР, Алтайского края, Иркутской и Барановичской областей. В приказе говорилось и о том, что «работу передовых народных следователей характеризует активность в борьбе с преступностью, инициативность и высокая бдительность, дающая возможность быстро распознавать новые формы преступлений». Одним из первых среди лучших следственных работников страны был назван народный следователь прокуратуры Орехово-Зуева юрист 1-го класса Порфирий Михайлович Дубинкин, который, как отмечено в приказе, «являет собою образец замечательного советского следователя, преданного своему делу, любящего свою работу». За достигнутые успехи в расследовании преступлений он был награжден личной автомашиной «Москвич». Следственному отделу Прокуратуры Союза ССР предложено подготовить и издать выпуск «Следственной практики», посвященный опыту работы этого следователя.

В сентябре 1949 года в Ленинграде была открыта первая следственная школа Прокуратуры СССР. Ее возглавила С. Мусина. Учебный план школы был рассчитан на два года обучения, причем, большая часть времени отводилась изучению криминалистики и других специальных дисциплин. Основную массу слушателей составила молодежь в возрасте до 25 лет. Все, как правило, имели среднее образование. Исключение было сделано лишь для молодых национальных республик.

В 1949 году был создан Всесоюзный научно-исследовательский институт криминалистики. Его руководителем стал Степан Петрович Митричев.

На ВНИИ криминалистики возлагались задачи научной разработки методики расследования наиболее распространенных видов преступлений и внедрение в следственную практику научно-технических средств и тактических методов раскрытия преступлений, а также теоретической разработки приемов криминалистики. В первый же год работы группа научных сотрудников института сконструировала «следственный чемодан», в котором были сосредоточены необходимые для первоначальных следственных действий технические средства. Стали выпускаться и пособия по методике, тактике и технике расследования.

Григорий Николаевич Сафонов придавал исключительно важное значение не только следствию, но и другим участкам прокурорской деятельности. В этой связи, в целях дальнейшего повышения уровня прокурорского надзора, он организовал многодневные (длившиеся одну-две недели) учебно-методические конференции и совещания по различным направлениям прокурорской работы.