В своих объяснениях в КПК при ЦК КПСС Г. Н. Сафонов признавал, что «состояние прокурорского надзора за следствием в органах МГБ — МВД было неудовлетворительным. Прокурорский надзор не обеспечивал строгого соблюдения законности и вследствие этого имели место факты необоснованного привлечения органами государственной безопасности граждан к уголовной ответственности и другие серьезные нарушения советских законов… Некоторые прокуроры безответственно относились к санкциям на арест, не осуществляли должного надзора в ходе следствия, мирились с возмутительными фактами волокиты по расследуемым в органах МГБ делам».

Сафонов признавал, что с его стороны было явно недостаточное реагирование на серьезные недостатки в работе, а иногда и беспринципность при осуществлении надзора за следствием в МГБ. «Я ограничился изданием нескольких приказов о наказании виновных работников, периодическими проверками работы и проведением отдельных совещаний, — писал Г. Н. Сафонов. — Видя порочность самой организации надзора, я крайне затянул разрешение этого вопроса…»

Г. Н. Сафонов назвал и объективные причины слабого прокурорского надзора за следствием в органах государственной безопасности. «Я и мои предшественники, при осуществлении надзора за следствием в органах госбезопасности, были поставлены в очень тяжелые условия. Специальными указаниями этот надзор был в значительной мере парализован. Поэтому и приходилось впоследствии восстанавливать предусмотренные законом надзорные права прокуроров».

Осенью 1952 года в ЦК партии стали поступать, видимо сработанные не без участия Берии, материалы, компрометирующие Генерального прокурора Союза ССР Г. Н. Сафонова. Среди них были и письма прокурорских работников: из Ленинграда, от военных прокуроров и др. Они касались якобы неправильного поведения руководителей Прокуратуры СССР и лично Сафонова, а также серьезных нарушений в осуществлении надзора за соблюдением законности при расследовании дел органами Министерства государственной безопасности СССР.

Секретариат ЦК КПСС принял решение провести по всем этим материалам соответствующую проверку. В октябре 1952 года результаты проверки были доложены Шкирятову, а им — секретарю ЦК Г. М. Маленкову. Выводы комиссии были чрезвычайно жесткими и не сулили ничего хорошего Генеральному прокурору СССР. В них отмечалось, что Г. Н. Сафонов «недобросовестно относится к своему государственному долгу и неудовлетворительно осуществляет возложенный на него Конституцией СССР высший надзор за точным исполнением законов в стране». В справке, в нескольких разделах, подробно и обстоятельно излагались так называемые факты. В заключении утверждалось, что Г. Н. Сафонов «работает без напряжения, от работников аппарата оторван, за период пребывания на посту Генерального прокурора СССР он не выступил в качестве государственного обвинителя ни в одном судебном процессе и ни разу не выезжал на проверку работы в подчиненные ему прокуратуры. При рассмотрении в ЦК партии вопроса о борьбе с многочисленными фактами необоснованного предания граждан суду он оказался неспособным разобраться в этом деле и дать свои предложения по устранению этих фактов грубого нарушения законов».

Авторы делали вывод: «В связи с фактами антигосударственного отношения т. Сафонова к порученному делу считаем, что он не может оставаться на посту Генерального прокурора СССР, как не оправдавший оказанного ему доверия, и заслуживает строгого партийного взыскания».

Однако сразу после проверки ход этому документу не дали. В апреле 1953 года Г. Н. Сафонов был лишь вызван в КПК при ЦК КПСС, где с ним провел беседу Шаталин.