Надо признать, что тогда органы прокуратуры, по выражению Сухарева, оказались еще «недостаточно подкованными» по целому ряду практических аспектов прав человека. В Молдавии, на Украине, в Прибалтике и Закавказье, в ряде республик и областей Российской Федерации грубо нарушались права людей, в том числе и верующих, а прокуроры на это вовсе не реагировали. В Херсонской области прокурор признал правомерным факт изъятия у верующего Библии, и по этой причине отказал в удовлетворении его жалобы. В Чувашии один человек был осужден за хранение книг «Котлован» Платонова и «Собачье сердце» Булгакова. И это было тогда, когда указанные произведения не только широко издавались, но и ставились на сцене. Прокуроры нередко смотрели на всех манифестантов (шествия и демонстрации тогда шли с размахом), как на смутьянов и нарушителей порядка.

Со всеми этими перегибами в органах прокуратуры А. Я. Сухарев повел решительную борьбу. Он говорил: «Во всем, что касается прав человека, прокуроры обязаны быть ближе к жизни, всемерно поддерживать и защищать людей с активной и здоровой социальной позицией, изучать новые явления общественной жизни».

В самый разгар перестройки начали поднимать головы экстремизм и национализм. Уже пролилась кровь в Сумгаите, завязался «карабахский узел», начались многомесячные забастовки. Все это наносило колоссальный ущерб стране. В новых условиях не на высоте оказались органы прокуратуры и внутренних дел. На заседании коллегии Прокуратуры Союза ССР А. Я. Сухарев признал, что прокуроры «проглядели националистический нарыв, не упредили разгула беспорядков». Особенно это относилось к Закавказью и Прибалтийским республикам. Некоторых прокурорских работников ему пришлось снимать с работы. «Такая политическая беспринципность и близорукость дала возможность экстремистам и некоторым номенклатурным преступникам направить недовольство людей от действительно социальных проблем, взяточничества и коррупции в русло националистического угара», — говорил А. Я. Сухарев.

Спустя несколько лет после начала перестройки в стране резко обострилась ситуация с преступностью. В первом полугодии 1989 года впервые за последние 20 лет было зарегистрировано свыше одного миллиона преступлений (на треть больше, чем за аналогичный период 1988 года). Преступность росла тогда невиданными темпами во всех союзных республиках. При этом резко увеличилось число убийств, тяжких телесных повреждений, изнасилований, разбоев и грабежей. Опасно нарастала корыстная преступность, во многом определяющая устойчивость преступных группировок как в сфере экономики, так и в уголовной среде. Участились случаи применения преступниками оружия, технических средств, их более активного противодействия правоохранительным органам. Все больше и больше стало заявлений и жалоб об угрозах и вымогательстве со стороны рэкетиров. Экономика все теснее сращивалась с преступной средой. В то же время в структуре наказаний тогда произошли кардинальные перемены. Если раньше до 70 процентов осужденных отправлялись в исправительно-трудовые колонии, то теперь эти цифры уменьшились наполовину.