Политбюро ЦК КПСС, Правительство СССР, рассматривая положение дел с преступностью, признавали его критическим. Правоохранительные органы, в их числе и прокуратура подверглись резкой критике. Верховный Совет СССР в своем постановлении «О решительном усилении борьбы с преступностью» признал возможным образовать для этого временные комитеты.

А. Я. Сухарев понимал, что в таких условиях нужны новые, нетрадиционные подходы к работе. На это он и настраивал своих подчиненных. Генеральный прокурор напоминал им, что от них требуется «особая проницательность и бдительность».

«Есть много симптомов бесконечного попустительства по признакам малозначительности преступлений, — говорил он, — и оно стало распространяться не только на молодежь, но и на рецидивистов». И далее: «Я понимаю, что рискую впасть в крайность, но экстремальная обстановка требует решительных мер. Мы обязаны найти адекватный ответ на стихию паразитизма и уголовщины, дать почувствовать трудящимся, что правоохранительные органы способны оградить от преступных посягательств правопорядок в наших городах, жизнь, здоровье и имущество граждан.

Мое видение ситуации таково, что до подхода основных профилактических резервов, которые, я уверен, будут сформированы на базе общегосударственной программы, надо подтянуть все юридические рычаги контроля и ответственности, широко использовать для этого гласность и общественное мнение».

Для того, чтобы выработать концепцию прокурорского надзора в условиях «революционного преобразования общества», по инициативе Генерального прокурора СССР А. Я. Сухарева 1–2 декабря 1989 года в Прокуратуре Союза ССР состоялась Всесоюзная научно-практическая конференция на тему: «Прокуратура в системе политических и правовых институтов общества». На ней присутствовали более 400 человек, представляющих все звенья и все профессии правовой системы. За два дня выступили 52 участника, в том числе 20 ученых. Среди выступивших были заместитель Председателя Совета Министров СССР Л. Абалкин, член-корреспондент Академии наук СССР Д. Керимов и др.

Рекомендации, выработанные конференцией, А. Я. Сухарев, насколько успел, претворял в практику прокурорской деятельности. С этой целью было проведено несколько коллегий по наиболее актуальным проблемам, началась радикальная перестройка функциональных обязанностей. В частности, на базе управления общего надзора были сформированы надзорные структуры в экономической, социальной и экологической сферах, создана подчиненная непосредственно центру Волжская природоохранная прокуратура и т. п.

При Генеральном прокуроре СССР А. Я. Сухареве произошло еще одно знаменательное событие — была изменена форменная одежда и введены новые знаки различия для прокурорско-следственных работников. Еще в 1954 году погоны (введены в 1943 году) были заменены плечевыми петлицами на воротнике, а лампасы исключены из формы. И вот спустя 35 лет в форменной одежде прокуроров и следователей вновь появились погоны и лампасы, правда, уже другого цвета.

Постановлением Верховного Совета СССР от 15 октября 1990 года, подписанного Председателем Верховного Совета СССР А. Лукьяновым, Алексей Яковлевич был освобожден от обязанностей Генерального прокурора СССР в связи с уходом на пенсию. В постановлении отмечено: «Поддержать внесение данного вопроса Президентом СССР на утверждение Съезда народных депутатов СССР». После соответствующего решения Съезда народных депутатов, он приказом и. о. Генерального прокурора СССР А. Д. Васильева назначается заместителем директора по науке Всесоюзного института проблем укрепления законности и правопорядка Прокуратуры СССР.