Ближайшим помощником П. И. Ягужинского, обер-прокурором Сената, стал Григорий Григорьевич Скорняков-Писарев, выдвинувшийся из среды гвардейских офицеров.

Основное внимание в своей прокурорской деятельности Ягужинский сосредоточил на контроле за повседневной работой Сената, за правильностью и законностью разрешения дел, их своевременным прохождением, порядком в Сенате и т. п. Коллегиальные решения были еще чужды сознанию самолюбивых сановников, которые не привыкли считаться с чужим мнением и уважать его, поэтому в Сенатском собрании зачастую возникали ссоры, крики, брань, а иногда и драки. В связи с этим Ягужинский вынужден был даже написать особое «предложение» Сенату, в котором просил Сенаторов воздержаться от ссор и споров, «ибо прежде всего это неприлично для такого учреждения, как Сенат».

П. И. Ягужинский довольно быстро занял ключевые позиции в государственных делах, играя по существу роль второго лица в империи после Петра I. По выражению русского историка В. О. Ключевского, генерал-прокурор становится «маховым колесом всего управления». Императора вполне удовлетворяла активная деятельность П. И. Ягужинского, и он во всем поддерживал его. Петр I не раз говорил своим приближенным: «Что осмотрит Павел, так верно, как будто я сам видел». 7 мая 1724 года, в день коронации императрицы Екатерины Алексеевны, П. И. Ягужинский был удостоен ордена Св. Андрея Первозванного.

Петр I, всегда жестоко преследовавший сановников за взяточничество и воровство, часто поручал генерал-прокурору Ягужинскому ведение розыска, то есть следствия по делам. В частности, он расследовал дело обер-фискала Нестерова, который был изобличен во взяточничестве и казнен.

Когда дело касалось интересов закона, Ягужинский не боялся противостоять даже членам царской фамилии. Об этом свидетельствует такой случай. Один из служителей царицы Прасковьи Федоровны, вдовы царя Ивана Алексеевича (брата Петра I), Деревнин как-то раз поднял и припрятал у себя оброненное фаворитом царицы Юшковым письмо. Эта пропажа очень обеспокоила царицу, так как письмо было написано ею. Вскоре Деревнин попал под подозрение и его взяли в Тайную канцелярию, где подвергли допросам. Деревнин присвоение письма отрицал, и дело продвигалось медленно, что явно не устраивало царицу. Она решила лично учинить допрос провинившемуся и однажды вечером под видом раздачи милостыни арестантам вместе со своими слугами заявилась в Тайную канцелярию. Там она подвергла колодника Деревнина самым изощренным пыткам и истязаниям. Царица самолично била его палкой, а ее слуги в это время жгли Деревнина свечами. После этого ему облили голову «крепкой водкой» и подожгли. Караульщики едва смогли сбить пламя с колодника. Боясь ответственности за содеянное царицей, которая к тому же и не думала униматься, дежурный офицер сообщил о происшествии обер-прокурору Скорнякову-Писареву, но тот отказался вмешиваться. Тогда офицер разыскал генерал-прокурора Ягужинского. Последний немедленно приехал в Тайную канцелярию. Он отобрал у царицы арестованного и велел направить его под караулом в свой дом. На требования царицы отдать ей Деревнина Ягужинский сказал: «Что хорошего, государыня, что изволишь ездить ночью по приказам. Без именного указа отдать невозможно».

В соответствии с утвержденной Петром I должностью Ягужинский обязан был «смотреть над всеми прокурорами», сидящими в коллегиях и надворных суда х, «дабы они в своем звании истинно и ревностно поступали», а все их «доношения» предлагать Сенату и «инсигновать», чтобы «по ним исполнено было».