Никаких особых личных требований для службы в прокуратуре в то время не устанавливалось. Велено было избирать их «из всяких чинов», но только лучших.

Прокуроры назначались на свои должности Сенатом по предложению генерал-прокурора, но за те или иные проступки они могли быть наказаны лишь Сенатом. Сам же генерал-прокурор и его заместитель, обер-прокурор, были ответственны только перед императором. В указе «О должности генерал-прокурора» на этот счет отмечалось: «Генерал- и обер-прокуроры ничьему суду не подлежат, кроме нашего».

Многие прокуроры сразу же развернули довольно активную работу. Они строго наблюдали за деятельностью учреждений, при которых состояли, обращая внимание на нарушения закона, волокиту, воровство и т. п. Очень интенсивно начал свою деятельность прокурор при Московском надворном суде князь Василий Гагарин. Он направил генерал-прокурору Ягужинскому несколько донесений, в которых указывал, что надворный суд не соблюдает указов о розыске преступников, отчего, по его мнению, «чинится ворам послабление», что председатель суда Тарбеев при слушании дел допускает незаконные действия. По докладу Ягужинского Сенат поручил исследовать эти нарушения президенту юстиц-коллегии Сенатору Матвееву.

Будучи приближенным к императору и пользуясь его полным доверием, Ягужинский оказывал огромную поддержку подчиненным ему прокурорам, всячески выводя их из-под влияния учреждений, при которых они состояли. При случае он находил возможным испрашивать чины и награды для прокуроров, выставляя их перед Петром I как особенно усердных, преданных и честных слуг престола.

При преемниках Петра I П. И. Ягужинский в полной мере познал как взлеты, так и падения. Во время «заговора верховников» был даже обвинен в измене и арестован, но из кратковременного заточения вышел еще более могущественным. Именным указом от 2 октября 1730 года императрица Анна Иоанновна укрепила пошатнувшуюся было прокуратуру, подтвердив, что при Сенате должны быть генерал- и обер-прокуроры, а при коллегиях и других судебных местах — прокуроры, действующие по данной им должности. И далее: «И для того ныне в Сенат, покамест особливый от нас генерал-прокурор определен будет, иметь в должности его надзирание из членов Сенатских генералу Ягужинскому, а в его дирекции в должность обер-прокурора быть статскому советнику Маслову, а прокуроры ж в коллегии и канцелярии, в которые надлежит, определяются немедленно».

Однако это была уже лебединая песня Ягужинского как генерал-прокурора. Вокруг императрицы стали возвышаться другие лица, набирал силу ее любимец Бирон. После нескольких ожесточенных схваток с ним Ягужинский, по свидетельству современников, «с радостью воспринял весть о назначении его послом в Берлин вместо ссылки в Сибирь».

В Пруссии Павел Иванович находился до 1735 года, после чего возвратился в Россию. Он получил графское достоинство и стал кабинет-министром императрицы. Продолжал Ягужинский носить и звание генерал-прокурора, хотя фактически от прокурорских дел уже отошел.

П. И. Ягужинский достиг чина действительного тайного советника, был пожалован в Сенаторы и обер-шталмейстеры, не раз награждался различными знаками отличия, большими имениями и крупными суммами денег.

Ягужинский был женат дважды: на Анне Федоровне Хитрово, с которой развелся в 1723 году, и на дочери канцлера Анне Гавриловне Головкиной. От первого брака он имел сына (умер в 1724 году) и трех дочерей; от второго — сына, Сергея, дослужившегося до генерал-поручика (умер в 1806 году), и трех дочерей. Вторая жена генерал-прокурора была «высока ростом, имела прекрасный стан и отличалась приятностью в обхождении». Считалось, что она танцевала лучше всех в Петербурге. Судьба ее оказалась трагичной. После смерти Ягужинского она вышла замуж за обер-гофмаршала М. П. Бестужева-Рюмина, но в 1743 году, за участие в заговоре против императрицы Елизаветы Петровны была наказана кнутом и «по урезании языка» сослана в Сибирь.