Щегловитов одним из первых в России понял всю ценность судебной фотографии для расследования преступлений. Он дал не только научное обоснование судебной фотографии, но и многое сделал для ее практического применения, образовав судебно-фотографическую лабораторию при прокуроре Санкт-Петербургской судебной палаты. С 1903 года Иван Григорьевич, в качестве профессора, стал читать лекции в Императорском училище правоведения по теории и практике уголовного судопроизводства и об основных началах судоустройства. На их основе он впоследствии издал двухтомный «Курс русского судоустройства».

Вскоре после окончания дела Каляева И. Г. Щегловитов вернулся на службу в Министерство юстиции. Высочайшим указом от 22 апреля 1905 года его переводят на должность директора 1-го департамента.

Иван Григорьевич с восторгом воспринял известие о подписании государем манифеста от 17 октября 1905 года и искренне приветствовал начавшееся в России преобразование государственного аппарата, созыв I Государственной думы. Однако его отношения с высшими царскими сановниками складывались непросто. Появились явные недоброжелатели. Из них самый опасный и влиятельный — председатель Совета Министров С. Ю. Витте. Сергей Юльевич настолько невзлюбил Щегловитова, что однажды даже просил министра юстиции С. С. Манухина не приглашать того на заседания Совета Министров. По мнению Витте, новый директор департамента высказывал слишком «трафаретные красные идеи». Поэтому, когда 1 февраля 1906 года новый министр юстиции М. Г. Акимов назначил Ивана Григорьевича своим заместителем, Витте очень удивился и поинтересовался у министра, хорошо ли он знает его. Акимов ответил, что не только хорошо знает Щегловитова, но и ценит его как отличного работника.

В апреле 1906 года С. Ю. Витте был отправлен в отставку. Вслед за ним оставили свои посты почти все министры, в том числе и М. Г. Акимов. Место председателя Совета Министров занял И. Л. Горемыкин. 24 апреля 1906 года министром юстиции и генерал-прокурором в новом правительстве стал И. Г. Щегловитов.

Назначение И. Г. Щегловитова министром вызвало неоднозначную реакцию. У одних — сдержанную, у других — откровенно враждебную. Вот что писал впоследствии С. Ю. Витте: «Это — самое ужасное назначение из всех назначений министров после моего ухода, в течение этих последних лет и до настоящего времени. Щегловитов, можно сказать, уничтожил суд».

Новый министр юстиции и руководитель органов прокуратуры энергично принялся за вверенное ему дело. Подавление революции 1905 года оставило широкий кровавый след. Правительство принимало все более жесткие меры против любых революционных выступлений, а социалисты-революционеры, со своей стороны, усиливали террор против представителей власти. Новое правительство, как и 1-я Государственная дума, просуществовали лишь до июля 1906 года. Место председателя Совета Министров занял бывший саратовский губернатор, министр внутренних дел П. А. Столыпин. Он приступил к формированию своего правительства. Сразу же встал вопрос о новом министре юстиции и генерал-прокуроре. На эту должность он решил выдвинуть А. Ф. Кони, выдающегося юриста и общественного деятеля, человека безупречной репутации, но тот отказался.

Таким образом И. Г. Щегловитов сохранил за собой пост министра юстиции и генерал-прокурора в правительстве П. А. Столыпина и занимал его девять лет. Императора Николая II он явно устраивал. А. Ф. Кони вспоминал, как П. А. Столыпин в разговоре с ним упомянул, что государь «чрезвычайно хвалил Щегловитова, бывшего у него в тот день с докладом, и ссылался на то, что Щегловитов ему нравится легкостью, вразумительностью и точностью своего доклада, так что ему очень не хотелось бы расставаться с этим министром».

Первое время И. Г. Щегловитов еще продолжал высказываться за проведение демократических преобразований. Однако в середине 1906 года он уже «круто повернул вправо».