Российские террористы вскоре дали свой ответ на решение о введении военно-полевых судов. В 1906–1908 годах они организовали настоящую охоту на высших должностных лиц империи и, в частности, на тех, кто служил в военном ведомстве или в системе Министерства юстиции. Особенно ощутимый урон понесло главное тюремное управление. Готовилось покушение и на И. Г. Щегловитова.

Щегловитовская юстиция самым печальным образом отразилась на деятельности суда. Никогда еще со времени введения Судебных уставов 1864 года судебные установления не падали так низко в общественном мнении. Сколько-нибудь демократически настроенные современники были единодушны в своих оценках — суд фактически уничтожен. И. В. Гессен, например, отмечал, что при Щегловитове «вплоть до Сената судебные учреждения насквозь пропитались угодливостью, разлагающей все устои правосудия». И еще одно его высказывание: «Суд превращен в капище беззакония».

Так же резко отзывался о суде и судебной политике Щегловитова бывший председатель Совета Министров С. Ю. Витте. Он писал: «Хорош наш Ванька Каин! (так Витте часто называл Щегловитова. — Авт.) Я читал последний всеподданнейший доклад, в котором он хвастает, что без отмены судебной несменяемости сумел заставить суд, как он говорит, служить требованиям и интересам государственности».

В то же время министр юстиции и генерал-прокурор И. Г. Щегловитов пользовался абсолютным доверием императора и это помогало ему удерживать свое кресло долгое время. Государь не забывал осыпать его и своими милостями. 1 января 1907 года он назначил Щегловитова членом Государственного совета и присутствующим в Сенате, с оставлением в должности министра. Затем Иван Григорьевич получил чин тайного советника; в марте 1911 года в день празднования 200-летия Правительствующего сената, ему было пожаловано высокое звание статс-секретаря, а через год он был награжден орденом Белого Орла. 20 ноября 1914 года Щегловитов стал действительным тайным советником, а в апреле 1915 года ему вручена светло-бронзовая медаль за труды по отличному выполнению всеобщей мобилизации, для ношения на груди на ленте Белого Орла.

К 1915 году И. Г. Щегловитов стал заметно тяготиться своими обязанностями по руководству Министерством юстиции. К тому же на него и ряд других министров с ярко выраженным правым уклоном продолжались резкие нападки со стороны думских фракций. Чтобы как-то успокоить общественное мнение, император Николай II в 1915 году отправил в отставку военного министра Сухомлинова, министра внутренних дел Маклакова, обер-прокурора Святейшего Синода Саблера и министра юстиции Щегловитова. Все они в общественном сознании «слыли безнадежными реакционерами».

В Государственном совете, членом которого остался Щегловитов, его избрали заместителем председателя правой фракции. Привыкший к диктаторским замашкам, которые приобрел за время пребывания в министерском кресле, он, конечно, не был удовлетворен доставшейся ему второстепенной ролью в совете и не оставлял тщеславных намерений снова взойти на политический Олимп. И его ожидания оправдались. 24 декабря И. Г. Щегловитов был неожиданно приглашен к императору. После обычного приветствия Николай II сразу же заявил: «Я вас вызвал для того, чтобы вам предложить должность председателя Государственного совета”. Бывший генерал-прокурор, по его словам, поблагодарил императора и сказал, что он польщен «милостивым вниманием» государя, но чувствует, что ему трудно занять этот пост, так как он принадлежит к правой группе, которая не пользуется симпатиями в Государственном совете.