В сентябре 1911 года от руки террориста погиб председатель Совета министров и министр внутренних дел П. А. Столыпин. Император Николай II перед своим отъездом из Киева предложил пост председателя Совета Министров Владимиру Николаевичу Коковцову. Министром внутренних дел стал А. А. Макаров. С января 1912 года он одновременно являлся и членом Государственного совета.

В первых числах апреля произошло трагическое событие на приисках Ленского золотопромышленного товарищества — колонна рабочих организованно направилась к администрации, чтобы вручить прошение прокурору, но была расстреляна. Ленская трагедия всколыхнула всю страну. В Петербурге началась стачка протеста, которая затем перекинулась и на другие губернии.

6 апреля Макаров, находившийся на отдыхе, получил срочную телеграмму об этом событии от своего заместителя И. М. Золотарева и немедленно выехал в Петербург. Он прибыл в столицу 9 апреля, когда страсти кипели вовсю. Левые партии в Государственной думе внесли запрос правительству, требуя разъяснения создавшегося положения. Александру Александровичу, только что прибывшему из Крыма и не успевшему полностью войти в курс дела, пришлось выступать в Государственной думе. Он произнес речь, концовка которой всех ошеломила. Он сказал о расстреле рабочих: «Так было, и так будет впредь».

Впоследствии, на допросе в Чрезвычайной следственной комиссии, А. А. Макаров сказал, что теперь он не «защищает своей речи», произнесенной в Государственной думе, так как он «был односторонен, был самонадеян, был вследствие этого ложен в своей речи».

Объясняя причину появления знаменитой фразы, произведшей такой резонанс, А. А. Макаров сказал: «Я никогда своих речей не писал, а намечал себе что-нибудь в уме. Так что это вышло у меня совершенно случайно. С другой стороны, это было сказано не в том смысле, — отнюдь не в общем. Впоследствии придали этой несчастной фразе слишком, по-моему, распространительное толкование. А касалась она того, что если на маленькую воинскую часть, которой поставлена задача охранять порядок, наступает громадная толпа в несколько тысяч человек, то она находится в таком положении, что может быть этой толпой смята, и ей приходится стрелять. Вот смысл».

Однако этих слов Макарову не простили. С. В. Завадский писал, что после Февральской революции он был арестован, конечно, не за одни слова, а за все свое прошлое в совокупности, но не освободил его А. Ф. Керенский только за эту злополучную фразу.

А. А. Макаров был освобожден от должности министра внутренних дел 16 декабря 1912 года, с изъявлением ему высочайшей благодарности.

В течение нескольких лет он оставался лишь членом Государственного совета, примкнув там к правой группе, а также присутствующим в Правительствующем сенате. Новый и последний взлет карьеры А. А. Макарова пришелся на лето 1916 года. 7 июля император подписал указ, который гласил: «Члену Государственного совета, Сенатору, тайному советнику Макарову Всемилостивейше повелеваем быть Министром юстиции, с оставлением членом Государственного совета и Сенатором».

Столь высокое назначение А. А. Макаров получил в то время, когда самодержавный трон раскачивался с удвоенной силой и вот-вот готов был рухнуть, погребя под своими обломками почти всех, кто находился рядом с ним. До крушения царизма оставалось немногим более семи месяцев. Макаров сумел продержаться в генерал-прокурорской должности только пять.

Император Николай II, освобождая А. А. Хвостова, возлагал определенные надежды на нового генерал-прокурора, полагая, что он будет «понятливее» и «более податлив» и что высочайшие повеления будет ставить выше закона.